针对您提出的“盗窃公司工具卖的钱怎么处理”这一问题，我将从刑事责任和民事赔偿两个方面进行详细解答。
刑事责任方面
盗窃罪的认定与处罚：
- 盗窃公司工具的行为，无论工具价值大小，均构成盗窃罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃公私财物，数额较大的，或存在多次盗窃、入户盗窃等情形的，将受到法律的严惩，包括有期徒刑、拘役、管制以及罚金等处罚。若盗窃数额巨大或有其他严重情节，刑罚将更为严厉。
- 即使盗窃的工具已被卖掉，其盗窃行为的性质不会改变。司法机关会依据工具的市场价格或有效价格证明来评估其价值，作为定罪量刑的依据。
销赃行为的法律后果：
- 盗窃者将工具卖出，属于销赃行为。若此行为由盗窃者本人实施，一般不单独定掩饰、隐瞒犯罪所得罪，而是作为盗窃罪的事后不可罚行为处理。但若销赃行为涉及其他人员，且该人员明知是盗窃所得而收购、代为销售，则可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪，面临相应的刑事处罚。
民事赔偿方面
对公司的赔偿责任：
- 盗窃者对公司负有返还财产或赔偿损失的民事责任。若被盗工具仍存在且可返还，应归还给公司；若工具已被卖掉无法返还，盗窃者需按工具的实际价值赔偿公司。
- 刑事责任不免除民事责任。公司可通过刑事附带民事诉讼或在刑事诉讼结束后单独提起民事诉讼，要求盗窃者进行赔偿。
善意取得的情况：
- 若购买者在不知情且以合理价格购买了被盗工具，符合善意取得条件，则购买者可取得工具的所有权。此时，公司不能要求购买者返还工具，但可向盗窃者要求按工具价值进行赔偿。
处理流程与建议
立即报警：公司应尽快向警方报案，并提供相关证据，如工具购买凭证、监控录像等，以便警方调查追踪嫌疑人。
评估损失：公司应评估被盗工具的价值，包括原始购买价格、折旧及当前市场价值等因素，为后续的赔偿要求提供依据。
追回工具或要求赔偿：尽力追回被盗工具，与买家协商或通过法律途径要求归还。若工具无法追回，则向盗窃者要求按实际价值进行赔偿。
法律途径：在刑事诉讼中提出经济赔偿诉求，法院可能将其作为量刑因素考虑。同时，公司可考虑提起民事诉讼，寻求经济赔偿。
加强防范：公司应加强安全防范意识教育，提高员工警觉性，并采取物理安全措施，如安装监控、加强门窗锁具等，以防类似事件再次发生。
综上所述，处理盗窃公司工具并卖出的问题需综合考虑刑事责任与民事赔偿。公司应保持冷静，积极收集证据，并与相关部门合作，以维护自身合法权益。