工程审计单位的选定是否需要双方同意，取决于具体的审计类型、合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先

• 若合同中明确约定了审计单位的选定方式（如由发包方单方面选定、承包方参与选定或双方共同选定），则应遵循合同约定。例如，某些工程合同可能规定，审计单位由发包方委托，但需通知承包方并接受其监督；或约定由双方共同委托第三方审计机构。
• 若合同未约定，则需根据行业惯例或法律法规处理。此时，双方可协商选定审计单位，若协商不成，可能需通过诉讼或仲裁解决争议。

2. 法定审计情形

• 政府投资项目：根据《政府投资条例》及相关规定，政府投资项目的审计通常由财政部门或审计机关指定，无需双方同意。但承包方有权对审计结果提出异议，并通过法定程序复核。
• 强制审计要求：若法律、行政法规明确规定某类工程必须接受特定机构的审计（如涉及国家安全、公共利益的工程），则双方需遵守，无需另行协商。

3. 双方协商选定

• 非法定审计情形：在普通商业工程中，若合同未约定审计单位，双方可协商选定。协商时，应考虑审计机构的资质、独立性、过往业绩等因素，以确保审计结果的公正性。
• 单方委托的效力：若一方未经协商单方委托审计单位，另一方有权拒绝接受审计结果，并要求重新审计或通过法律途径解决争议。但需注意，单方委托的审计报告在诉讼中可能被法院采纳为证据，具体取决于其证明力和对方当事人的质证情况。

4. 审计单位的独立性要求

• 无论审计单位如何选定，均需满足独立性要求。即审计机构应与被审计单位无利害关系，确保审计结果的客观公正。若审计单位与一方存在利益关联，另一方有权提出异议并要求更换。

法律建议

1. 合同中明确约定：为避免争议，建议在工程合同中明确审计单位的选定方式、审计范围、费用承担等条款。
2. 保留协商权利：即使合同未约定，双方也应通过协商选定审计单位，并签订书面协议明确权利义务。
3. 关注审计结果：对审计报告有异议时，应及时提出并要求复核或通过法律途径解决，避免因拖延导致权利丧失。

如有具体工程审计问题或合同条款需要审查，可直接向我咨询。我将结合您的合同内容、工程类型及法律法规，提供针对性的法律意见。