在处理债权转让合同纠纷与基础法律关系纠纷时，确定案由是一个需要细致分析的过程。以下是对如何确定这两类纠纷案由的详细解答：
一、债权转让合同纠纷案由的确定
核心法律关系判断：
- 首要任务是判断案件是否主要围绕债权转让这一法律行为产生的争议。这包括债权转让的有效性、转让程序是否符合法定或约定、是否已通知债务人等核心问题。
- 若纠纷涉及债权转让合同的履行，如受让方是否支付转让价款、转让方是否移交债权凭证等，这些均属于债权转让合同纠纷的范畴。
合同内容与性质审查：
- 仔细审阅债权转让合同文本，明确双方的权利义务，特别是关于债权范围、转让价格、支付方式及违约责任等关键条款。
- 合同内容应直接反映债权从转让方转移至受让方的法律事实，这是确定债权转让合同纠纷案由的重要依据。
诉讼请求与事实依据分析：
- 当事人的诉讼请求往往能揭示纠纷的本质。例如，要求支付转让款、赔偿因债权瑕疵造成的损失等，这些均指向债权转让合同纠纷。
- 结合事实依据，分析争议是否围绕债权转让过程中的具体事件，如通知的有效性、债权的真实性等。
法律法规适用与案由表述：
- 根据《民法典》等相关法律法规中关于债权转让的规定，结合案件具体情况，确定适用的法律依据。
- 在表述案由时，应使用准确、规范的法言法语，如“债权转让合同纠纷”，确保无模糊不清或歧义之处。
二、基础法律关系纠纷案由的确定（当与债权转让相关时）
基础债权债务关系审查：
- 当争议焦点集中在基础债权债务关系的真实性、合法性或履行情况时，案由可能会依据基础法律关系来确定。
- 例如，若基础债权债务关系为民间借贷，且纠纷主要围绕借贷关系的有效性、利息计算、还款情况等展开，则案由可能确定为“民间借贷纠纷”。但若同时涉及债权转让事宜，且债权转让的效力或履行成为争议点，则可能同时包含“民间借贷纠纷”和“债权转让合同纠纷”两个案由，以全面反映案件性质。
涉及担保等从权利纠纷的特殊处理：
- 若债权转让涉及担保物权或其他从权利，且争议围绕这些权利的转移、实现等问题展开，案由应结合具体的担保关系来确定。
- 例如，若债权转让涉及抵押权，且争议焦点在于抵押权的转移是否有效、抵押物是否已办理变更登记等，则案由可能确定为“抵押权纠纷”与“债权转让合同纠纷”的关联案由。
多重债权转让的特殊情况：
- 在同一债权被多次转让的情况下，各受让人之间就债权的归属产生争议时，案由仍确定为“债权转让合同纠纷”。
- 但审理过程中需特别关注各个债权转让行为的先后顺序、通知情况以及受让人的权利主张依据，以确保合法债权人的权益得到保护。
三、综合考量与建议
- 在确定案由时，应全面考虑案件的核心争议点、基础法律关系以及相关从权利等多方面因素。
- 对于复杂或疑难案件，建议当事人在起诉前咨询当地法院或专业律师，以确保选择的案由准确无误。
- 若希望同时解决原合同和债权转让问题，可以考虑并列两个相关案由，以全面反映案件性质和争议焦点。
综上所述，确定债权转让合同纠纷与基础法律关系纠纷的案由是一个综合性的过程，需要细致分析案件的具体情况和相关法律法规。通过准确适用民事案件案由规定，可以确保案件得到准确、全面的审理，从而维护当事人的合法权益。