在处理群众斗殴案件时，如果关键人员或部分涉案人员未能抓捕归案，司法机关会遵循一套严谨且公正的程序来确保案件得到妥善处理。以下是对这一问题的详细解答：
一、持续追捕在逃人员
发布通缉令：
- 公安机关会根据在逃犯罪嫌疑人的逃跑方向、社会关系等线索，及时发布通缉令，通过社会资源和警力进行广泛追捕。
加强协作配合：
- 公安机关内部各部门之间，以及与其他执法部门（如检察院、法院）会加强紧密协作，形成合力，共同推进案件侦破和在逃人员的追捕工作。
运用科技手段：
- 借助现代科技手段，如大数据分析、人脸识别、视频监控等，提高追捕效率和准确性，确保在逃人员无处遁形。
二、依法处理已抓获人员
刑事拘留与逮捕：
- 对已抓获的犯罪嫌疑人，公安机关会依法进行刑事拘留或逮捕，防止其逃避进一步的侦查和审判。
开展讯问与调查：
- 对犯罪嫌疑人进行详细的讯问，收集证据材料，查明案件事实。同时，对其他涉案人员进行调查取证，固定相关证据，以形成完整的证据链。
保障合法权益：
- 在办案过程中，公安机关会严格依法保障犯罪嫌疑人的合法权益，确保其享有辩护权、申诉权等法律权利，体现法律的公正和人文关怀。
三、完善证据链条与移送审查起诉
补充侦查与完善证据：
- 若因部分人员未到案导致证据不足，公安机关可申请检察机关批准补充侦查，通过进一步调查取证来完善证据链条，确保案件事实清楚、证据确实充分。
移送审查起诉：
- 在案件事实清楚、证据确实充分后，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关将依法对案件进行全面审查，决定是否提起公诉。
四、后续追诉与法律适用
继续追捕与并案处理：
- 对于后续抓捕归案的犯罪嫌疑人，司法机关将依法追究其刑事责任，并与前期已判决案件进行并案处理或单独审判，确保案件的完整性和公正性。
严格法律适用：
- 根据《中华人民共和国刑法》等相关法律法规，结合具体案情对到案人员进行定罪量刑。司法机关会严格遵循法律程序，确保法律适用的统一性和严肃性，维护法律的权威和尊严。
综上所述，即使群众斗殴案件中的关键人员或部分涉案人员未能抓捕归案，司法机关也会根据已有证据和事实，依法对案件进行全面、公正的处理。这一流程体现了我国法律体系的严谨性和公正性，也彰显了司法机关打击犯罪、维护社会稳定的决心和能力。