农民长期使用但未取得权利证书的土地，可通过以下途径处理，具体需结合土地性质和实际情况判断：

1. 确认土地性质与权属状态
   首先需明确土地是集体所有（如耕地、宅基地）还是国有（如未利用地、国有农场用地）。若为集体土地，需核查是否已纳入集体土地所有权登记范围；若为国有土地，需确认是否已办理国有土地使用权出让或划拨手续。
   法律依据：根据《土地管理法》第九条，集体土地所有权需依法登记发证，未登记的由县级政府确认所有权；国有土地使用权需通过出让、划拨等方式取得并登记。

2. 申请确权登记

   • 集体土地使用权确权：若土地为集体所有且农民长期使用（如承包地、宅基地），可向村委会或乡镇政府申请确权登记。需提供土地使用证据（如承包合同、缴费凭证、村集体证明等），经公示无异议后，由县级政府颁发《农村土地承包经营权证》或《宅基地使用权证》。
     
   • 国有土地使用权确权：若土地为国有且农民通过历史原因使用（如开垦的荒地），需向自然资源部门申请确权。若符合规划且未被征收，可能需补办出让手续并缴纳土地出让金后登记；若不符合规划或已被征收，则可能无法确权。
     关键点：确权需以“合法使用”为前提，若存在争议（如与其他村民或单位权属冲突），需先通过协商、调解或诉讼解决争议。

3. 处理历史遗留问题

   • 政策性确权：部分地区对历史形成的“无证土地”有专项政策（如“房地一体”宅基地确权），可关注当地政府发布的补登公告，按要求提交材料申请登记。
     
   • 补办手续：若因未缴纳费用或未申请导致未登记（如承包地未换证），可补缴费用或补交申请材料后办理登记。
     风险提示：若土地已被征收、划入生态保护区或存在其他限制使用情形，可能无法确权，需配合政府安排（如搬迁、补偿）。

4. 争议解决途径

   • 协商调解：与相邻土地使用者或村集体协商，达成书面协议后共同申请确权。
     
   • 行政复议/诉讼：若对政府确权决定不服（如拒绝登记、权属划分争议），可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。
     案例参考：某村因宅基地边界争议，村民通过村委会调解后重新划分边界并登记，避免了长期纠纷。

建议行动步骤：

1. 收集土地使用证据（合同、缴费凭证、证人证言等）；
   
2. 向村委会或乡镇政府咨询当地确权政策；
   
3. 若遇争议，及时申请调解或法律程序；
   
4. 关注政府发布的土地登记公告，按期申请补登。
   

如有具体问题（如土地类型、使用年限、争议细节等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。