分公司约定总公司所在地管辖是有效的，但需满足一定条件。以下从不同角度进行详细分析：

一、法律原则与规定

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但其民事责任由总公司承担。在分公司与第三方签订的合同中，若约定由总公司所在地法院管辖，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的。

二、实际联系原则

1. 分公司与总公司的关系：分公司是总公司的分支机构，其业务活动受总公司的指导和监督。因此，分公司与总公司所在地之间存在实际联系。
2. 约定管辖的合理性：当分公司与第三方在合同中约定由总公司所在地法院管辖时，这种约定是基于分公司与总公司之间的实际联系，以及便于诉讼、减少诉讼成本等考虑。只要该约定不违反法律强制性规定，就是合理的。

三、可能存在的例外情况

1. 违反级别管辖：如果约定的管辖法院级别过高或过低，与案件性质、标的额等不相符，可能违反级别管辖的规定，导致约定无效。
2. 违反专属管辖：对于某些特定类型的案件，如不动产纠纷、港口作业纠纷等，法律明确规定了专属管辖法院。如果分公司与第三方在合同中约定由非专属管辖法院管辖，那么该约定无效。
3. 约定不明确或无法确定：如果合同中的管辖约定不明确，或者根据约定无法确定具体的管辖法院，那么该约定可能被视为无效。

四、法律建议

1. 明确约定管辖法院：在分公司与第三方签订的合同中，应明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律强制性规定。
2. 考虑实际联系和便利性：在选择管辖法院时，应考虑分公司与总公司之间的实际联系，以及便于诉讼、减少诉讼成本等因素。
3. 咨询专业律师：在签订合同前，建议咨询专业律师，以确保合同中的管辖约定合法有效。

举例说明：假设某分公司与一家供应商签订了一份采购合同，并在合同中约定：“如发生争议，由总公司所在地法院管辖。”只要该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，且总公司所在地与合同有实际联系，那么该约定就是有效的。如果后续发生争议，供应商可以向总公司所在地法院提起诉讼。

总结：分公司约定总公司所在地管辖在符合法律强制性规定的前提下是有效的。在实际操作中，建议明确约定管辖法院，并考虑实际联系和便利性等因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。