结论：部分城市机械车位长期闲置且未定期检验被处罚，若执法程序符合《中华人民共和国特种设备安全法》及相关地方性法规的规定，则处罚行为合法；反之，则可能构成程序违法。
一、执法程序合法性分析
根据《中华人民共和国特种设备安全法》第八十三条：“违反本法规定，特种设备使用单位有下列行为之一的，责令限期改正；逾期未改正的，责令停止使用有关特种设备，处一万元以上十万元以下罚款：……（三）未对其使用的特种设备进行经常性维护保养和定期自行检查，或者未对其使用的特种设备的安全附件、安全保护装置进行定期校验、检修，并作出记录的；……”。机械车位作为特种设备，其使用单位负有定期检验的法定义务。若使用单位未履行该义务，市场监管部门有权依据上述条款进行处罚。
结合新闻背景分析：
新闻中提到，北京星河城物业管理有限公司就因千余个机械车位未定期检验被处罚。这一案例直接印证了执法部门对未定期检验机械车位行为的处罚依据和执法实践。若该处罚决定在作出前，已依法履行了立案、调查取证、告知权利义务、听取陈述申辩、作出处罚决定并送达等法定程序，则该处罚行为合法。
二、可能存在的程序违法情形
尽管处罚行为本身具有法律依据，但若执法部门在执法过程中存在以下情形，则可能构成程序违法：
未依法履行告知义务： 执法部门在作出处罚决定前，应依法告知当事人拟作出的处罚内容、事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。若未履行该告知义务，则可能构成程序违法。
未听取当事人陈述申辩： 当事人有权在收到告知书后进行陈述和申辩。执法部门应认真听取当事人的意见，并对当事人提出的事实、理由和证据进行复核。若未听取当事人陈述申辩或未对当事人提出的合理意见进行复核，则可能构成程序违法。
处罚决定书未依法送达： 处罚决定书应依法送达当事人。若未依法送达或送达方式不符合法律规定，则可能构成程序违法。
三、对机械车位使用单位的建议
针对机械车位长期闲置且未定期检验的问题，建议使用单位采取以下措施：
加强设备管理： 建立机械车位维护保养和定期检验制度，确保设备处于良好运行状态。同时，应指定专人负责设备的日常操作和维护保养工作，并定期对操作人员进行培训和考核。
积极配合执法检查： 在接到执法部门的检查通知后，应积极配合检查工作，如实提供有关资料和情况。对于检查中发现的问题，应及时整改并反馈整改情况。
增强法律意识： 加强对特种设备相关法律法规的学习和宣传，提高使用单位的法律意识和合规意识。避免因不了解法律规定而遭受不必要的处罚。
四、对执法部门的建议
针对机械车位未定期检验的处罚问题，建议执法部门采取以下措施：
加强执法监督： 建立健全执法监督机制，对执法人员的执法行为进行定期检查和评估。对于发现的程序违法问题，应及时纠正并追究相关人员的责任。
提高执法透明度： 在执法过程中，应依法公开执法依据、执法程序和执法结果等信息，提高执法透明度。同时，应积极接受社会监督和舆论监督，确保执法行为的公正性和合法性。
加强普法宣传： 通过多种渠道和形式开展特种设备相关法律法规的普法宣传活动，提高使用单位和社会公众的法律意识和合规意识。减少因不了解法律规定而引发的违法行为和处罚事件。