针对小作坊二氧化硫超标的问题，其处罚方式主要依据相关法律法规以及具体的违规情节。以下是一个详细的解答：
一、处罚依据
小作坊二氧化硫超标主要违反了《食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》（如GB 2760-2024或GB 2760-2014等，具体版本可能因时间而异）以及地方性的食品小作坊管理条例，如《广西壮族自治区食品小作坊小餐饮和食品摊贩管理条例》等。这些法规明确规定了食品添加剂的使用范围和限量，以及违规行为的处罚措施。
二、处罚措施
罚款：
- 根据违规情节的严重程度，市场监督管理部门会对小作坊处以二千元以上二万元以下的罚款。例如，在合浦县市场监督管理局的案例中，当事人因生产经营超限量使用食品添加剂的食品被罚款8500元。
- 罚款的具体数额会根据货值金额、违法所得、违规情节的严重程度以及是否造成食品安全事故等因素进行综合考量。
警告：
- 对于违规情节较轻或首次违规的小作坊，市场监督管理部门可能会给予警告，并责令其限期改正。例如，在合浦县市场监督管理局的案例中，当事人因销售酸辣椒未建立销售台账被警告。
吊销登记证：
- 对于情节严重或多次违规的小作坊，市场监督管理部门可能会吊销其食品小作坊登记证，禁止其继续从事食品生产经营活动。
没收违法所得和物品：
- 如果小作坊的违规行为造成了食品安全事故或存在其他严重后果，市场监督管理部门还可能会没收其违法所得和违法生产经营的食品以及用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品。
三、处罚程序
抽样检验：
- 市场监督管理部门会定期或不定期对小作坊的食品进行抽样检验，以检测其是否符合食品安全标准。
送达检验报告：
- 如果抽样检验结果显示食品添加剂超标，市场监督管理部门会向小作坊送达检验报告，并告知其违规事实和处罚依据。
立案调查：
- 市场监督管理部门会对违规小作坊进行立案调查，收集相关证据，查明违规事实。
作出处罚决定：
- 根据调查结果和法律法规，市场监督管理部门会作出处罚决定，并告知小作坊其享有的陈述、申辩权利。
执行处罚：
- 小作坊应在规定期限内缴纳罚款或接受其他处罚措施。逾期不缴纳罚款的，市场监督管理部门可能会每日按罚款数额的3%加处罚款，并依法申请人民法院强制执行。
四、建议与预防
加强法律法规学习：
- 小作坊应加强对食品安全法律法规的学习，了解食品添加剂的使用范围和限量，避免违规行为的发生。
建立完善的管理制度：
- 小作坊应建立完善的管理制度，包括进货查验、生产过程控制、产品检验等环节，确保食品质量安全。
定期自查与整改：
- 小作坊应定期进行自查，发现问题及时整改，确保食品添加剂的使用符合标准要求。
积极配合监管部门工作：
- 小作坊应积极配合市场监督管理部门的工作，接受抽样检验和监督检查，及时整改存在的问题。
综上所述，小作坊二氧化硫超标的处罚方式主要包括罚款、警告、吊销登记证以及没收违法所得和物品等措施。小作坊应加强对食品安全法律法规的学习，建立完善的管理制度，定期自查与整改，并积极配合监管部门的工作，以避免违规行为的发生。