旷工三天扣1000块钱是否合法，需根据具体情况分析，不能一概而论。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法律规定角度：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。
   • 旷工作为违反劳动纪律的行为，用人单位有权进行管理和惩戒，但直接扣1000元工资往往超出了法律规定的合理扣除范围，特别是当这一扣除导致劳动者当月工资低于最低工资标准或扣除比例超过20%时，显然是不合法的。

2. 劳动合同与规章制度方面：

   • 用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣1000元工资时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。
   • 若规章制度未满足上述条件，或内容本身不合理（如高额克扣），则该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。例如，如果规章制度未经员工同意或公示，直接规定旷工三天扣1000元，这一规定可能因缺乏合法性基础而被认定为无效。

3. 特殊情况处理：

   • 在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。
   • 但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。例如，如果劳动者旷工导致用人单位损失远超1000元，且用人单位能提供充分证据，那么扣除1000元可能是在合理范围内的，但仍需确保扣除后工资不低于最低工资标准。

4. 实际操作建议：

   • 对于劳动者而言，如果认为用人单位的扣罚行为不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 对于用人单位而言，在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行。例如，可以规定旷工一天扣当天工资，或者根据旷工天数和情节严重程度设定合理的扣罚比例，但应避免直接规定高额克扣。

举例说明：假设某劳动者月工资为3000元，当地月最低工资标准为2000元。如果该劳动者旷工三天，用人单位直接扣1000元工资，那么扣除后剩余工资为2000元，虽然未低于最低工资标准，但扣除比例达到了33.3%（1000/3000），超过了法律规定的20%限额，因此这种扣罚是不合法的。如果用人单位能证明劳动者旷工造成了1000元以上的实际损失，并且扣除1000元后剩余工资仍不低于最低工资标准，那么这种扣罚可能在合理范围内。

综上所述，旷工三天扣1000块钱是否合法需根据具体情况分析。如果公司规章制度明确、合法且经过了员工的同意或公示，并且在扣除工资时严格遵循了法律规定，那么这种扣除可能是合法的；反之，则通常是不合法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。