结论前置：旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的，因为它违反了《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规对于工资支付和扣除的规定。
详细分析：
法律依据与劳动者权益保护：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确规定了工资支付的原则，即用人单位必须按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣。
- 旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对劳动者未履行劳动义务的合理对应措施。但扣除三天工资的做法，显然超出了这一合理范围，构成了对劳动者劳动报酬权利的侵犯。
规章制度与合法性审查：
- 用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。然而，这些规章制度必须符合法律规定，且经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。
- 如果企业的规章制度或劳动合同中明确规定了旷工一天将扣3天工资，但这一规定未经合法程序制定或公示，或者内容违反了法律规定，那么该规定对劳动者不具有法律效力。即使经过了合法程序，如果扣除三天工资的做法被认定为不合理，也可能被视为违法。
经济损失与合理赔偿：
- 如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。因此，即使劳动者需要赔偿损失，也不能简单地以扣三天工资的方式进行。
合法合理的处理方式：
- 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行。
- 用人单位在处理员工旷工问题时，应综合考虑员工旷工的原因、情节严重程度以及对企业造成的实际影响，采取合理、适度的扣罚措施。
劳动者的维权途径：
- 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
建议与总结：
- 用人单位：在制定和执行规章制度时，应确保规定的公平、公正和合理，遵守相关法律法规，避免侵犯劳动者的合法权益。对于旷工等违纪行为，应采取合法、合理的处理方式，如给予警告、记过等，而不是简单地扣除工资。
- 劳动者：应了解自己的权益和义务，遵守用人单位的规章制度和劳动合同的约定。如果认为用人单位的处理方式不合法或不合理，应积极与用人单位协商解决，或通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，旷工一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的。用人单位在处理员工旷工问题时，应遵循合法、合理、公正的原则，并尊重劳动者的合法权益。劳动者也应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。