中医执业助理医师在药店坐堂，若未取得合法执业资格或违反相关规定，将面临行政处罚，情节严重的可能涉及刑事责任。具体分析如下：

一、行政处罚

1. 依据《中华人民共和国医师法》：

   • 若中医执业助理医师未取得《医师执业证书》或在非注册的执业地点（如药店）从事诊疗活动，卫生行政部门将责令其停止非法执业活动，没收违法所得及药品、医疗器械，并处违法所得二倍以上十倍以下的罚款；违法所得不足一万元的，按一万元计算。
   • 若中医执业助理医师虽取得执业资格，但超出注册的执业范围（如仅注册为中医专业却从事西医诊疗）或在非医疗机构（如药店）独立开展诊疗活动，同样可能面临上述处罚。

2. 依据《医疗机构管理条例》：

   • 药店若未取得《医疗机构执业许可证》而允许中医执业助理医师坐堂行医，将被认定为非法行医场所。卫生行政部门将责令其停止执业活动，没收违法所得及药品、医疗器械，并处以罚款（具体金额根据情节严重程度而定，通常为违法所得的数倍）。

二、刑事责任

• 若情节严重构成犯罪（如因非法行医导致患者重伤、死亡），中医执业助理医师及药店负责人可能触犯《中华人民共和国刑法》第三百三十六条规定的“非法行医罪”，面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。

三、其他后果

• 执业资格限制：中医执业助理医师可能因非法行医被吊销执业证书，且在一定期限内不得重新申请注册。
• 信用惩戒：相关违法行为可能被纳入个人或企业的信用记录，影响其未来从业或经营。

建议：中医执业助理医师应严格遵守《医师法》《医疗机构管理条例》等法律法规，仅在注册的执业地点和范围内从事诊疗活动。药店若需提供中医服务，应依法申请设置中医诊所或与合法医疗机构合作，确保合规经营。如有具体法律问题，可直接向我咨询。