公司事业法人股东已注销的情况下，原则上不能再直接进行股东变更，但可以通过特定方式处理相关权益和义务。以下从不同角度为您详细分析：
一、注销后的法律状态
当公司的事业法人股东注销后，其法律主体资格即告消灭，不再享有民事权利能力和民事行为能力。因此，从法律层面讲，已注销的法人无法再作为股东进行变更登记，因为变更登记的前提是股东主体资格的存在。
二、处理已注销股东权益的方式
尽管已注销的法人股东无法直接进行变更，但其在原公司中的权益和义务并不会因此消灭。根据《公司法》及相关司法解释，这些权益和义务可以由该法人的权利义务承受人（如清算组、股东会决议指定的接收人或依法成立的清算组织等）来继承和处理。具体方式如下：
通过清算程序处理：
- 如果该法人股东在注销前已经进行了清算，并确定了其债权债务的承接方，那么该承接方可以依据清算结果，与原公司协商处理其在公司中的权益和义务。
- 在这种情况下，虽然不能直接进行股东变更登记，但可以通过签订协议等方式，明确承接方在公司中的权益和义务，并据此进行后续操作。
通过股权转让协议处理（需特定条件）：
- 如果该法人股东在注销前未完成股权转让，但存在其他股东或第三方愿意购买其股权，且该法人股东的清算组织或权利义务承受人同意转让，那么可以通过签订股权转让协议的方式处理。
- 但需要注意的是，由于法人股东已注销，其无法再作为转让方签署协议，因此需要由其权利义务承受人代为签署。同时，该转让行为还需符合公司章程和法律法规的规定，并经过公司其他股东过半数同意（对于有限责任公司）或符合其他法定条件（对于股份有限公司）。
通过公司减资或增资处理：
- 如果该法人股东的注销导致公司股东结构发生变化，且无法通过上述方式处理其权益和义务，那么公司可以考虑通过减资或增资的方式调整股东结构和股权比例。
- 减资需要编制资产负债表及财产清单、通知债权人并公告等法定程序；增资则需要股东会作出决议并修改公司章程等。
三、实际操作中的注意事项
- 确保程序合法合规：在处理已注销法人股东的权益和义务时，必须确保所有程序都符合法律法规和公司章程的规定，避免因程序瑕疵而引发法律纠纷。
- 保护其他股东利益：在处理过程中，应充分考虑其他股东的利益和诉求，确保他们的合法权益不受损害。
- 及时办理变更登记：如果通过上述方式确定了新的股东或调整了股权比例，应及时办理工商变更登记手续，以确保公司股东结构的准确性和合法性。
总结来说，虽然公司事业法人股东注销后无法直接进行股东变更登记，但可以通过清算程序、股权转让协议（需特定条件）或公司减资增资等方式处理其权益和义务。在处理过程中，应确保程序合法合规、保护其他股东利益并及时办理变更登记。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。