当法人股东已经注销，需要变更股东时，应遵循一系列法律程序来确保变更的合法性和有效性。以下是详细的步骤和建议：

一、召开股东会并形成决议

1. 依据公司章程：首先，根据公司章程的规定，召集所有股东召开股东会。
2. 形成决议：在股东会上，需要形成关于变更股东的决议。决议应明确新股东的加入、原注销股东的退出以及相关的股权变更事宜。
3. 记录与签字：确保会议记录详细完整，并由所有出席的股东签字确认。

二、准备并提交工商变更登记材料

1. 收集材料：准备股东会决议、公司章程修正案、新股东的身份证明（如法人营业执照、自然人身份证等）、原股东的注销证明等相关材料。
2. 提交申请：将准备好的材料提交至公司所在地的工商行政管理部门，申请办理股权变更登记。
3. 审核与登记：工商部门会对提交的材料进行审核。如材料齐全且符合规定，工商部门会予以变更登记，并换发新的营业执照。

三、处理股权转让事宜（如适用）

1. 签订股权转让协议：如果涉及股权转让，转让双方需要签订股权转让协议，明确转让的股权份额、价格、支付方式等条款。
2. 缴纳税费：根据股权转让协议，依法缴纳相关税费，如印花税等。
3. 确保合法性：在股权转让过程中，要确保交易的合法性和公正性，避免出现纠纷。

四、注意税务申报和后续事项

1. 税务申报：完成股权变更后，应及时到税务部门办理相关税务申报，确保符合税务法规要求。
2. 更新公司文件：更新公司的股东名册、公司章程等文件，以反映股权变更后的实际情况。
3. 通知相关方：根据公司的具体情况，可能需要通知银行、客户、供应商等相关方关于股权变更的信息。

五、遵循法律法规和公司章程

在整个股权变更过程中，应严格遵循相关法律法规和公司章程的规定。如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业的法律或财务顾问，以确保变更过程的合法性和有效性。

综上所述，变更已注销的法人股东需要遵循一系列法律程序，包括召开股东会、准备并提交工商变更登记材料、处理股权转让事宜（如适用）、注意税务申报和后续事项等。通过遵循这些步骤和建议，可以确保股权变更的合法性和有效性，并保障公司和各股东的合法权益。