公司非法转包工程将面临多重处罚，包括行政处罚、民事责任以及可能的刑事责任。以下是对这些处罚的详细分析：
一、行政处罚
责令改正与没收违法所得：
- 监管机构会要求非法转包的公司立即停止转包行为，并采取措施进行改正。
- 公司因非法转包所获得的非法收益将被没收，这是对其违法行为的经济制裁。
罚款：
- 根据《建设工程质量管理条例》及《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，公司可能面临工程合同价款0.5%到1%的罚款。具体罚款数额根据违法情节的严重程度和造成的后果来确定，旨在通过经济处罚增加违规成本，遏制违规行为。
责令停业整顿与降低资质等级或吊销资质证书：
- 对于情节较为严重的非法转包行为，监管机构可能会责令公司停业整顿一段时间，以纠正其违法行为并恢复市场秩序。
- 情节特别严重时，如多次非法转包、造成重大工程质量问题或安全事故等，监管机构会降低公司的资质等级甚至吊销其资质证书，使公司无法再从事相关工程建设活动。
限制从业：
- 住房城乡建设主管部门可以依法限制公司负责人在一定期限内从事相关建筑活动，禁止其在一定时间内担任新的工程项目负责人等职务，这严重限制了其职业发展和业务拓展空间。
二、民事责任
对发包人承担违约责任：
- 如果转包行为违反了与发包人签订的建设工程施工合同约定，公司需按照合同约定向发包人承担违约责任，如支付违约金、赔偿发包人因此遭受的损失等。
对实际施工人与接受转包单位承担责任：
- 在转包关系中，公司可能需要对实际施工人的工资支付、工程质量等问题承担法律责任。若实际施工人因转包出现工资拖欠纠纷等情况，公司需积极应对并承担相应法律后果。
- 如果因非法转包导致工程质量问题或其他损失，公司可能与接受转包的单位承担连带赔偿责任。
三、刑事责任
在非法转包过程中，若出现严重工程质量事故，造成重大安全事故或其他严重后果，且符合相关犯罪构成要件时，公司负责人可能会被追究刑事责任：
重大责任事故罪：
- 在生产、作业中违反有关安全管理的规定，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
工程重大安全事故罪：
- 建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；后果特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
此外，在极少数情况下，如果非法转包行为涉嫌其他犯罪，如串通投标、合同诈骗等，公司负责人也可能面临刑事责任追究。
建议：公司应严格遵守相关法律法规，杜绝非法转包行为的发生，以免遭受严重的法律后果和经济损失。如果公司面临相关法律问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。