针对业主大会通过的议事规则中有部分条款存在争议时的备案问题，以下是我的详细解答：

1. 备案的基本流程与要求：

   • 根据相关规定，业主大会通过的议事规则，在不存在争议或争议已妥善解决的情况下，应当按照既定程序进行备案。这通常涉及将议事规则的正式文本提交给相关的物业管理主管部门或街道办事处、乡镇人民政府进行备案登记。
   • 备案时，应确保提交的议事规则文本完整、准确，且已经过业主大会的合法表决通过，并附有表决结果等相关证明材料。

2. 存在争议条款的处理方式：

   • 协商解决：在备案前，若发现议事规则中有部分条款存在争议，首先应尝试通过业主之间的协商、讨论，寻求共识，对争议条款进行修改或完善，以确保其符合法律法规的要求和业主的共同利益。
   • 法律审查：若协商无果，可以邀请法律专业人士（如律师）对争议条款进行法律审查，提供法律意见，帮助业主们理解条款的合法性、合理性及可能存在的法律风险。
   • 重新表决：根据法律审查的结果，若需要对争议条款进行修改，应重新组织业主大会进行表决，确保修改后的条款得到业主的广泛认可和支持。

3. 备案时的特殊处理：

   • 说明情况：在提交备案时，若议事规则中仍存在部分争议条款（但已尽量协商并修改至相对合理状态），应在备案材料中详细说明争议条款的情况、协商过程、法律审查意见及修改建议等，以便备案机关了解争议背景并作出相应处理。
   • 备案机关的指导：备案机关在收到备案材料后，若发现议事规则中存在明显违法或不合理条款，可能会提出指导性意见或要求业主大会进行进一步修改。此时，业主大会应积极配合，按照备案机关的指导进行修改并重新提交备案。

4. 法律后果与风险提示：

   • 未备案的法律后果：若业主大会通过的议事规则未按照规定进行备案，可能会面临被备案机关责令限期改正、通报批评等法律后果。同时，未备案的议事规则在司法实践中可能难以得到法院的认可和支持。
   • 争议条款的法律风险：若争议条款存在违法或不合理之处，且未得到妥善解决，可能会引发业主之间的纠纷和诉讼，给业主大会和物业管理带来不必要的麻烦和损失。

建议：在处理业主大会议事规则的备案问题时，应确保所有条款均符合法律法规的要求和业主的共同利益。若存在争议条款，应积极协商、寻求法律意见并重新表决，以确保议事规则的合法性和合理性。同时，在备案时详细说明争议情况并配合备案机关的指导，以降低法律风险和避免不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。