在高速公路上不慎撞到保护动物并造成车辆损坏时，关于赔偿的问题，需要从多个方面来综合分析和处理。以下是一份详细且有条理的解答：
一、责任划分
司机责任：
- 无过错情况：如果保护动物突然窜上高速公路，司机在无法预见且已采取必要措施的情况下仍无法避免事故，那么司机在主观上没有过错，通常不承担撞死保护动物的民事赔偿责任。车辆损坏部分，可根据车损险等保险合同向保险公司申请理赔。
- 有过错情况：若司机存在超速、疲劳驾驶等违反交通法规的行为，导致未能及时发现或避让保护动物，则需承担部分民事责任，可能需要对保护动物的损失进行赔偿（但需注意，对于国家保护动物，司机通常无需赔偿其本身价值，而是需配合相关调查），并且保险公司可能会根据免责条款减少或拒绝理赔因违规行为导致的损失。同时，司机会面临行政处罚。
高速公路管理方责任：
- 如果高速公路的防护设施存在漏洞或管理瑕疵，使得保护动物能够进入高速并引发事故，那么高速公路管理方存在过错，需要对司机的车辆损坏及其他合理损失承担相应的民事赔偿责任。
动物管理人责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果动物管理人未尽到管理义务，导致动物进入高速公路并造成损害，动物管理人应承担相应的民事赔偿责任。
二、理赔流程
现场处理与报警：
- 确保安全：将车辆停靠在路边，确保自身和乘客安全。
- 报警与联系：立即拨打交警或高速公路管理部门电话报警，并告知事故情况。同时，联系保险公司报案，说明事故详情。
- 保留证据：拍摄事故现场照片或视频，保留行车轨迹、车辆行驶证、保险单等相关证据。
保险理赔：
- 交强险赔付：在交强险责任限额内进行赔偿，包括财产损失赔偿（但需注意，交强险主要用于赔偿第三方损失，对于车辆自身损失，主要依赖车损险）。
- 商业险赔付：
- 车损险：用于赔偿车辆因碰撞保护动物造成的自身损失，扣除交强险赔偿部分（如有）后，按车损险条款理赔。
- 第三者责任险：若因碰撞保护动物导致第三方（如动物管理人或相关机构）财产损失，且在责任范围内，由第三者责任险赔偿。但需注意，对于国家保护动物，司机通常无需赔偿其本身价值。
- 特殊情况处理：若撞到的是国家保护野生动物，应立即联系林业部门。交强险和商业险通常可用于车辆损失理赔，但需符合保险条款规定。车主需配合相关调查，但无需对野生动物本身价值进行赔偿。
定损与修理：
- 保险公司派定损员对车辆进行定损，确定损失金额。
- 车主将车辆送至指定修理厂修理，并通知保险公司。
提交单证与索赔：
- 修理完成后，收集索赔资料（如修理发票、维修明细等）并提交给保险公司。
- 保险公司收到索赔单证后进行理算，确定最终赔付金额。
赔付：
- 保险公司财务人员根据理赔人员理算后的金额，向车主指定的银行账户划拨赔款。
三、注意事项
- 积极配合：在处理事故过程中，应积极配合交警、保险公司和林业部门（如涉及野生动物）的调查工作。
- 防范敲诈：若遇到动物管理人提出过高赔偿要求等敲诈行为，应及时向公安机关报案并寻求法律帮助。
综上所述，高速公路上撞到保护动物并造成车辆损坏时，赔偿问题涉及多个法律主体和法律规定。建议各方保持冷静、理性应对，并遵循上述理赔流程以维护自身合法权益。如有需要，可寻求专业法律意见以获取更具体的指导。