建设工程甲方扣罚乙方违约金的规定主要依据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，双方可以在合同中约定违约金的数额或计算方法，并需遵守相关法律规定。以下是对此规定的详细分析：

一. 违约金约定的合法性

• 双方约定原则：根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以在合同中约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这意味着，在建设工程合同中，甲方和乙方可以就违约金进行明确约定。

• 约定有效性：只要双方约定的违约金不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思表示，该约定就是有效的。例如，双方可以根据工程的总造价，按一定比例（如10%）约定违约金数额。

二. 违约金扣罚的具体规定

1. 违约金数额的确定

   • 合同约定优先：如果合同中明确约定了违约金的数额或计算方法，甲方在乙方违约时，有权按照合同约定扣罚违约金。

   • 实际损失原则：如果合同没有约定违约金或者约定不明确，甲方扣罚乙方的违约金数额应当以乙方违约行为给甲方造成的实际损失为基础，包括直接损失和预期可得利益损失。例如，因乙方违约导致工程延期竣工，甲方因此产生的额外租金损失等。

2. 违约金数额的调整

   • 增加违约金：如果约定的违约金低于造成的损失的，甲方可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加。

   • 减少违约金：如果约定的违约金过分高于造成的损失的，乙方可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。一般来说，超过实际损失的百分之三十可能被认定为过高。

三. 违约金扣罚的注意事项

• 违约金与继续履行：根据《民法典》第五百八十五条，当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。这意味着，即使甲方扣罚了乙方的违约金，乙方仍需继续履行合同义务。

• 防止损失扩大：根据《民法典》第五百九十一条，当事人一方违约后，对方应当采取适当措施防止损失的扩大；没有采取适当措施致使损失扩大的，不得就扩大的损失请求赔偿。因此，甲方在乙方违约后，应当及时采取措施防止损失扩大。

四. 实际案例应用

• 案例一：在一份建设工程施工合同中，双方约定如乙方逾期竣工，每逾期一天按合同总价的万分之五支付违约金。若乙方实际逾期30天竣工，则甲方有权扣罚乙方合同总价1.5%的违约金。

• 案例二：若合同中未约定违约金数额，但乙方违约导致甲方增加建设成本100万元，并造成预期利润损失50万元。则甲方在扣罚乙方违约金时，应当以实际损失150万元为基础，并考虑乙方的过错程度等因素确定具体数额。

我建议，在签订建设工程施工合同时，双方应当明确约定违约金的数额或计算方法，并确保约定内容合法有效。同时，在合同履行过程中，双方应当严格遵守合同约定，避免违约行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。