针对二次羁押期间主犯未抓获的情况，需分情形处理，核心结论如下：

1. 若主犯未归案不影响案件事实认定
   根据《刑事诉讼法》第160条，公安机关在侦查终结时，若现有证据已能形成完整证据链，证明犯罪事实且主犯参与其中，可先将已到案的从犯移送检察院审查起诉。例如：从犯供述、物证、电子数据等证据能独立证明主犯的指使行为，此时无需等待主犯归案即可推进程序。但需注意，若主犯未到案导致关键证据缺失（如主犯的供述直接否定从犯指控），则可能影响案件定性，需补充侦查。

2. 若主犯未归案导致证据不足
   根据《刑事诉讼法》第175条，检察院可要求公安机关补充侦查，补充侦查期限为1个月，以2次为限。若经2次补充侦查仍证据不足，检察院应依据《刑事诉讼法》第177条作出不起诉决定。例如：主犯未到案导致无法核实从犯关于“受主犯指使”的供述真实性，且无其他证据佐证时，案件可能因“事实不清、证据不足”被退回或不起诉。

3. 技术性处理措施
   公安机关可对主犯采取网上追逃措施，通过全国在逃人员信息系统发布通缉令，限制其出行、住宿等社会活动；同时可申请技术侦查（如监控通信、定位等），但需严格履行审批程序（需设区的市一级以上公安机关负责人批准）。若主犯潜逃境外，可通过国际刑警组织发布红色通缉令，或依据双边引渡条约启动引渡程序。

4. 对从犯羁押期限的特别规定
   根据《刑事诉讼法》第156条，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过2个月；案情复杂可延长1个月（属省级以上重案）、再延长2个月（可能判10年以上）、还可因“身份不明”等特殊情形延长。但若主犯长期未归案导致案件无法终结，从犯的羁押期限可能面临法律挑战，需通过变更强制措施（如取保候审）或羁押必要性审查（向检察院申请）保障其合法权益。

实务建议：

• 从犯家属可委托律师向公安机关了解案件进展，申请取保候审或羁押必要性审查；
  
• 若案件已移送检察院，律师可阅卷后提出“证据不足”的辩护意见，争取不起诉或量刑从宽；
  
• 关注主犯追逃动态，若主犯归案，案件可能重新进入侦查或审查起诉阶段，需及时调整辩护策略。
  

如有具体案件细节（如主犯涉案情节、从犯参与程度等），可进一步向我咨询，我将结合证据规则和司法实践为您详细分析。