核心结论：公司可先与离职员工协商处理；协商不成，若能证明违章是员工履职造成，公司可向员工追偿罚款，但扣分问题较难直接解决，必要时可通过法律途径维权。以下是具体分析：
协商处理
公司可以首先尝试与离职员工进行友好协商，向其说明车辆违章的情况以及公司因此遭受的损失，包括缴纳的罚款等，要求员工自行处理违章，承担相应的罚款和扣分责任。这种方式成本较低，也较为和谐，如果员工愿意配合，是最理想的解决方式。例如，公司可以通过电话、邮件或者书面函件等方式与员工沟通，明确告知其违章的事实和公司的诉求。
协商不成时的处理
- 追偿罚款
- 如果协商无法达成一致，公司需要先缴纳罚款以避免产生滞纳金等额外费用。在缴纳罚款后，若公司能够证明车辆的违章行为是员工在履行工作职责过程中造成的，那么公司有权向员工追偿这部分罚款。
- 例如，员工在执行公司安排的出差任务途中发生违章，公司可以收集相关的证据，如出差审批单、行车路线记录、违章当时的监控录像（如果有）等，以证明违章与工作相关。然后，公司可以依据这些证据，通过法律途径，如向劳动仲裁机构申请仲裁或者向法院提起诉讼，要求员工返还公司代为缴纳的罚款。
- 扣分问题
- 交通违章的扣分是针对驾驶人个人的行政处罚措施，公司无法直接将扣分转移到员工身上或者要求交通管理部门消除扣分。不过，从公司内部管理角度，如果公司有相关的规章制度明确规定员工因工作原因造成车辆违章的，应承担相应的责任，包括但不限于在公司内部进行通报批评、影响员工的绩效评估等。
- 例如，公司在员工手册或者车辆使用管理制度中明确规定，员工使用公司车辆发生违章的，除承担罚款外，还将根据违章的严重程度扣除一定的绩效分数或者给予相应的纪律处分。这样可以在一定程度上对员工形成约束，促使员工在今后的工作中更加遵守交通规则。
预防措施
为了避免类似情况再次发生，公司可以采取以下预防措施：
- 在员工使用公司车辆前，与员工签订详细的车辆使用协议，明确双方的权利和义务，包括违章责任的分担等内容。
- 定期对员工进行交通安全培训，提高员工的交通安全意识和遵守交通规则的自觉性。
- 建立车辆使用记录制度，对车辆的行驶里程、使用时间、使用人员等信息进行详细记录，以便在发生违章时能够及时查明责任人。
如果公司在处理此类问题时遇到困难或者有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细、专业的法律建议。