专业分包可以设立项目经理部，但需根据具体情况和合同约定来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面分析
在建设工程领域，专业分包是指施工总承包企业将其所承包工程中的专业工程发包给具有相应资质的其他建筑业企业完成的活动。关于专业分包是否可以设立项目经理部，法律并未明确禁止。项目经理部是施工企业为完成某项建设工程施工项目而设立的临时性管理机构，其设立主要是为了便于对施工项目进行全面、有效的管理。因此，从法律层面讲，专业分包单位根据其承包的专业工程规模和复杂程度，有权设立项目经理部来负责该专业工程的施工管理。
二、合同层面分析
合同约定优先：在专业分包合同中，双方可以就项目经理部的设立、职责、权限等事项进行明确约定。如果合同中明确规定了专业分包单位可以设立项目经理部，并对其职责和权限进行了界定，那么专业分包单位就有权按照合同约定设立项目经理部。
无约定时的处理：如果专业分包合同中没有明确约定项目经理部的设立事宜，那么专业分包单位是否可以设立项目经理部，就需要根据工程实际情况、行业惯例以及双方协商的结果来确定。一般来说，如果专业分包工程规模较大、技术复杂，需要专业的管理团队来负责施工管理，那么设立项目经理部是合理的。
三、实际操作建议
明确合同条款：在签订专业分包合同时，建议双方就项目经理部的设立、职责、权限等事项进行明确约定，以避免后续产生纠纷。
遵守行业规范：在设立项目经理部时，专业分包单位应遵守相关行业规范和标准，确保项目经理部的设立和运行符合法律法规和行业要求。
加强沟通协调：项目经理部作为施工管理的核心机构，应与总承包单位、其他分包单位以及监理单位等保持密切沟通协调，确保施工项目的顺利进行。
四、可能存在的法律后果
如果专业分包单位未经总承包单位同意或违反合同约定擅自设立项目经理部，可能会引发一系列法律后果，包括但不限于：
合同违约：违反合同约定设立项目经理部可能构成违约行为，需要承担违约责任。
管理混乱：未经协调擅自设立的项目经理部可能导致施工管理混乱，影响工程质量和进度。
法律纠纷：因项目经理部设立问题引发的纠纷可能涉及多方利益主体，处理不当可能引发法律诉讼。
因此，专业分包单位在设立项目经理部时，应充分考虑法律、合同以及工程实际情况等因素，确保项目经理部的设立合法、合规、合理。如果您在建设工程领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。