结论前置：合同中指定银行卡发工资具有明确的法律依据，主要涉及《劳动法》《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》等法规，核心目的是保障工资支付的规范性和劳动者权益。以下是具体分析：

1. 法律依据：工资支付必须通过法定形式

根据《工资支付暂行规定》（劳部发〔1994〕489号）第六条，用人单位应通过银行转账或现金形式支付工资，且需将工资支付给劳动者本人。若合同中约定通过指定银行卡发放工资，属于对“银行转账”这一法定支付方式的细化，符合法律规定。

• 关键点：指定银行卡需为劳动者本人名下账户，用人单位不得强制要求使用他人账户（如亲属、公司财务账户等），否则可能涉嫌侵犯劳动者财产权。

2. 合同约定的合法性：需满足“双方协商一致”原则

根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同可约定“劳动报酬”相关条款，包括支付方式、时间等。若用人单位在合同中明确“通过指定银行卡发放工资”，需满足以下条件：

• 劳动者知情并同意：合同签订时，用人单位应明确告知工资发放方式，劳动者需签字确认；
  
• 不得排除劳动者权利：如合同中约定“仅通过某银行发工资，劳动者需自行承担手续费”等条款，可能因显失公平被认定无效；
  
• 不得违反强制性规定：例如，不得以“未提供指定银行卡”为由克扣工资。

3. 实务中的注意事项

• 银行卡信息变更：若劳动者更换银行卡，应及时书面通知用人单位，避免因信息错误导致工资发放延迟；
  
• 工资到账证明：用人单位需保留转账记录，劳动者也应核对工资是否足额到账，防止纠纷；
  
• 地方性规定：部分地区（如北京、上海）可能出台细则，要求用人单位在指定银行发工资时需提供工资条或支付明细，需结合当地政策执行。

4. 若合同未约定，用人单位能否单方面指定银行卡？

若劳动合同未明确工资发放方式，用人单位无权单方面强制要求使用指定银行卡。根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同内容需双方协商一致并书面确认。若用人单位擅自变更，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结建议：合同中指定银行卡发工资本身合法，但需确保程序合规（如劳动者同意、账户为本人名下）。若遇到用人单位违规操作（如克扣工资、强制使用他人账户），可保留证据（如合同、工资条、转账记录）并依法维权。如有具体纠纷，可直接向我咨询细节。