在行政复议认定程序违法的情况下，若复议机关改变了原行政行为，则复议机关为被告；若复议机关维持了原行政行为，则作出原行政行为的行政机关和复议机关为共同被告。以下是对此问题的详细分析：
一、复议机关改变原行政行为的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款：“经复议的案件，复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告。”
法律分析：
- 当复议机关认为原行政行为存在程序违法等问题，并作出了改变原行政行为的决定时，复议机关就成为了新的被告。这是因为复议机关的决定直接影响了当事人的权益，当事人有权对复议机关的决定提起诉讼。
二、复议机关维持原行政行为的情况
法律依据：
- 同样根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款：“经复议的案件，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告。”
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第二十二条也进一步阐释了“复议机关决定维持原行政行为”的含义，包括复议机关驳回复议申请或复议请求的情形（但以复议申请不符合受理条件为由驳回的除外）。
法律分析：
- 当复议机关认为原行政行为虽然存在程序上的小瑕疵，但并未影响其实质合法性，从而决定维持原行政行为时，作出原行政行为的行政机关和复议机关就成为了共同被告。这是因为原行政行为和复议决定都直接影响了当事人的权益，当事人有权对两者提起诉讼。
- 将作出原行政行为的行政机关和复议机关列为共同被告，有助于法院在一个诉讼程序中全面审查原行政行为和复议决定的合法性，避免了分别起诉带来的繁琐程序，减少了当事人的诉累，同时也节约了司法资源。
三、实际应用与指导意义
明确被告：
- 在面对行政复议认定程序违法的情况时，当事人应首先明确复议机关的决定是改变了原行政行为还是维持了原行政行为，从而确定正确的被告。
及时起诉：
- 当事人应在法定的起诉期限内及时提起诉讼，以维护自己的合法权益。起诉期限的计算应以原行政行为作出的时间为起点（在复议机关维持原行政行为的情况下）。
全面审查：
- 在诉讼过程中，法院将全面审查原行政行为和复议决定的合法性，包括程序是否合法、证据是否充分、适用法律是否正确等。
法律责任：
- 若法院认定原行政行为或复议决定存在违法情形，将依法作出撤销、变更或确认违法的判决，并可能要求行政机关或复议机关承担相应的法律责任。
建议：在面对行政复议认定程序违法的情况时，若您不确定如何确定被告或如何提起诉讼，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。