一个民间借贷案原则上不可以分别在两个不同的城市起诉，但在特定情形下可能存在例外。以下分情况具体说明：

1. 一般情况：遵循“原告就被告”原则 根据《民事诉讼法》第二十二条，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。在民间借贷纠纷中，若双方未约定管辖法院，通常需向被告住所地或经常居住地法院起诉。例如，被告户籍在A市但长期居住在B市（需提供居住证明），则应在B市起诉。此时若同时在两个城市起诉，后立案的法院会依据《民事诉讼法》第三十六条将案件移送至先立案的法院合并审理。

2. 例外情形：合同约定或特殊标的物

   • 约定管辖：若借贷合同中明确约定“发生争议由某地法院管辖”（如原告所在地、合同签订地等），且该约定符合《民事诉讼法》第三十五条（不违反级别管辖和专属管辖），则可按约定起诉。例如，合同约定“争议由原告户籍地C市法院管辖”，即使被告在D市，也可在C市起诉。
   • 特殊标的物：若借款涉及不动产（如抵押房屋），根据《民事诉讼法》第三十四条，可由不动产所在地法院专属管辖。但纯民间借贷通常不涉及此类情形。

3. 实务建议

   • 起诉前需核实被告住所地、经常居住地及合同约定，避免因管辖错误被驳回。
   • 若被告下落不明或涉及多个被告，可依据《民事诉讼法》第二十三条，在合同履行地（如借款交付地、还款地）起诉，但需提供相关证据（如转账记录、还款协议）。
   • 若已在错误法院立案，可申请撤诉后重新起诉，或等待法院依职权移送。

总结：民间借贷案的管辖法院需优先依据被告住所地或合同约定确定，未经合法约定或法定情形，不得随意选择多个法院起诉。如有具体案件细节（如合同条款、被告信息等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析管辖法院及诉讼策略。