关于物资合同中履约保证金和质量保证金能否一起收取的问题，这主要取决于具体的法律规定以及合同双方的约定。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据及一般原则

1. 民法典原则：根据《中华人民共和国民法典》的意思自治原则，合同双方当事人在平等、自愿、公平的基础上协商一致，可以在合同中明确约定同时收取履约保证金和质量保证金。这种约定在一般情况下是合法有效的，对双方均具有法律约束力。

2. 特定情境下的限制：然而，对于特定类型的合同，如工程项目合同，可能存在相关法律法规对保证金收取的特别规定。例如，在工程项目竣工前，若已缴纳履约保证金，根据相关规定，建设单位通常不得同时预留工程质量保证金。

二、履约保证金与质量保证金的定义及功能

1. 履约保证金：

   • 定义：为保证合同一方全面履行合同义务而设立的担保方式，涵盖合同从签订到履行完毕的整个过程。
   • 功能：促使合同双方诚信履约，若一方违反合同主要条款，另一方有权扣除部分或全部履约保证金作为补偿。

2. 质量保证金：

   • 定义：主要针对合同标的的质量提供担保，确保合同标的物在一定期限内符合约定的质量标准。
   • 功能：在质量保证期内，若发现标的物存在质量问题且交付方未能按约履行维修、更换等义务，接收方可以从质量保证金中扣除相应费用用于维修或弥补损失。

三、实际操作与合同约定

1. 合同签订阶段：

   • 在签订物资合同时，双方应明确约定保证金的类型（履约保证金或质量保证金，或两者同时约定但需符合法律法规）、金额、退还条件、扣除方式等重要条款。
   • 若合同中明确约定了同时收取两种保证金，且该约定不违反相关法律法规，则双方应按约定执行。

2. 合同履行阶段：

   • 在合同履行过程中，若发生违约或质量问题，双方应依据合同约定处理保证金。一般情况下，履约保证金和质量保证金因其性质和功能的不同，不应同时被扣除，除非合同中有明确且合法的约定。
   • 对于工程项目等特定类型合同，应特别注意相关法律法规对保证金收取的特别规定，避免违规操作。

3. 工程竣工后的处理：

   • 对于工程项目合同，工程竣工后，双方可以根据合同约定收取质量保证金以确保工程质量。此时，若履约保证金已退还或转化为其他形式的担保，则质量保证金作为工程质量保修期内的保障措施。

四、结论与建议

综上所述，物资合同中履约保证金和质量保证金能否一起收取，取决于具体的法律规定和合同约定。在签订合同时，双方应充分了解相关法律法规，明确约定保证金的类型、金额、退还条件等条款，以确保合同的合法性和有效性。在实际操作中，双方应严格遵守合同约定及法律规定，确保保证金制度的公平、合理、合法执行。若发生争议，应首先依据合同约定进行处理；若合同无明确约定或约定不合法，则应遵循相关法律法规进行裁决。