核心结论：公司注销并入总公司时，员工劳动合同的处理方式主要取决于并入方式及双方协商结果，常见处理方式包括继续履行原合同、变更劳动合同主体、协商解除合同或依法终止合同。以下分情况详细说明：

1. 继续履行原合同
   若总公司同意承接原公司员工的劳动关系，且员工未提出异议，原劳动合同可继续履行。此时需注意：

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并或分立等情况，原劳动合同继续有效，由承继其权利义务的用人单位继续履行。
     
   • 操作要点：总公司需与员工书面确认劳动关系承继事宜，明确工资、岗位、工龄等条款不变，避免后续纠纷。

2. 变更劳动合同主体
   若总公司与员工协商一致，可签订《劳动合同变更协议》，将原合同主体由注销公司变更为总公司。此时需注意：

   • 协商原则：变更需双方自愿，任何一方不得强制要求。
     
   • 内容调整：可协商调整工作地点、岗位等条款，但不得降低原合同条件（如工资、福利等），否则可能涉及违法变更。
     
   • 书面形式：变更协议需采用书面形式，并由双方签字盖章确认。

3. 协商解除合同
   若员工不愿继续在总公司工作，或总公司因业务调整需裁员，可与员工协商解除劳动合同。此时需注意：

   • 经济补偿：根据《劳动合同法》第四十六条，用人单位提出协商解除的，需支付经济补偿（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。
     
   • 书面协议：解除协议需明确补偿金额、支付时间、离职手续等条款，避免口头约定。

4. 依法终止合同
   若公司注销导致劳动合同无法继续履行（如总公司拒绝承接劳动关系），且双方无法协商一致，可依法终止合同。此时需注意：

   • 终止情形：根据《劳动合同法》第四十四条，用人单位被依法宣告破产、被吊销营业执照等情形下，劳动合同终止。
     
   • 经济补偿：用人单位需支付经济补偿（标准同协商解除）。
     
   • 程序合规：终止前需履行通知义务（如提前30日书面通知），并办理离职手续（如转移社保、档案等）。

风险提示：

• 若总公司未依法承接劳动关系或未支付经济补偿，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位承担违法责任。
  
• 建议公司在注销前制定员工安置方案，并与员工充分沟通，避免群体性纠纷。

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。