仅凭村委会和乡政府的调解协议书，一般不可以直接申请不动产登记证。以下从不同角度进行分析：

1. 从法律依据角度：

   • 根据《不动产登记暂行条例》等相关法律法规，申请不动产登记通常需要提交能够证明不动产权利归属、来源等合法性的材料，如不动产权属证书（如房产证、土地证等）、合同、继承文件、政府征收决定等。
   • 村委会和乡政府的调解协议书，虽然可能反映了双方就不动产相关事宜达成的某种共识或解决方案，但它本身并不直接等同于不动产权属的法定证明文件。因此，仅凭此协议书，通常无法满足不动产登记的法定要求。

2. 从调解协议书的性质角度：

   • 调解协议书是双方在第三方（如村委会、乡政府）调解下，就争议事项达成的书面协议。它具有一定的法律约束力，但主要限于协议双方之间，并不具有对外的公示公信力。
   • 不动产登记则是一种具有公示公信力的法律行为，它要求登记的内容必须真实、合法、有效，并能够为公众所信赖。因此，调解协议书本身并不足以作为不动产登记的直接依据。

3. 从实际操作角度：

   • 在实际操作中，不动产登记机构通常会要求申请人提交完整、合法的不动产权属证明文件。如果申请人仅凭调解协议书申请登记，很可能会被要求补充其他相关材料或证明文件。
   • 如果调解协议书涉及的不动产权利归属问题需要通过法律程序（如诉讼、仲裁等）进行确认，那么在确认之前，通常也无法直接申请不动产登记。

建议：

• 如果您希望基于调解协议书申请不动产登记，建议先咨询当地的不动产登记机构或相关部门，了解具体的申请要求和流程。
• 同时，您也可以考虑通过法律程序（如诉讼、仲裁等）进一步确认不动产的权利归属，然后再根据确认结果申请不动产登记。

如果您在不动产登记或其他法律领域有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。