结论：药房药品不是自己进的货，而是从别的地方来的，卖不完扣员工自己的钱是否合法，这取决于具体情况，包括劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的规定。一般情况下，若未经员工同意或未在合同中明确约定，这种做法可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同角度
合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了药房可以因药品未售完而扣除员工工资，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么药房的做法可能是合法的。但需要注意的是，这种约定必须是在双方平等自愿、协商一致的基础上达成的，且不得损害员工的合法权益。
合同未约定或约定不明：
- 如果劳动合同中没有明确约定药房可以因药品未售完而扣除员工工资，或者约定不明确，那么药房的做法就可能缺乏法律依据。在这种情况下，药房单方面扣除员工工资可能构成违法行为，员工有权要求药房返还被扣除的工资，并可能寻求法律救济。
二、公司规章制度角度
规章制度合法性：
- 药房的规章制度必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示或告知员工。如果规章制度中明确规定了因药品未售完而扣除员工工资的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么药房的做法可能是合法的。但同样需要注意，这种扣除必须合理且不得损害员工的合法权益。
规章制度未规定或规定不合理：
- 如果药房的规章制度中没有明确规定因药品未售完而扣除员工工资，或者规定不合理（如扣除比例过高、扣除条件过于苛刻等），那么药房的做法就可能缺乏合法性。在这种情况下，员工有权拒绝接受不合理的扣除，并可能寻求法律救济。
三、法律法规角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何单位或者个人不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，如果药房未经员工同意或未在合同中明确约定而扣除员工工资，就可能违反了这一规定。
特殊情况下的扣除：
- 在某些特殊情况下（如员工因故意或重大过失给用人单位造成损失等），用人单位可能有权要求员工承担一定的赔偿责任。但这种扣除必须符合法律法规的规定，且扣除的金额应当合理。如果药房以药品未售完为由扣除员工工资，且这种扣除不符合法律法规的规定或扣除金额不合理，那么药房的做法就可能构成违法行为。
四、建议与行动
- 员工方面：如果员工认为药房的做法不合法或不合理，可以首先与药房进行协商沟通，要求药房返还被扣除的工资或调整扣除方式。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
- 药房方面：药房应当遵守法律法规的规定和劳动合同的约定，合理制定规章制度并公示或告知员工。在扣除员工工资时，必须确保扣除的合法性和合理性，避免引发劳动争议和法律风险。
总之，药房药品不是自己进的货而是从别的地方来的，卖不完扣员工自己的钱是否合法取决于具体情况。如果未经员工同意或未在合同中明确约定且违反法律法规的规定，这种做法可能不合法。员工在遇到此类情况时应当积极维护自己的合法权益，而药房也应当遵守法律法规的规定和劳动合同的约定以避免法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。