结论前置：发票总额一般不应比合同金额多，若包含违约金，需根据具体情况判断并合规处理。以下是详细分析：

1. 合同金额与发票金额的基本原则
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及税法相关规定，发票的开具应当与实际交易内容相符，金额应真实反映交易双方约定的价款。合同金额是交易双方约定的基础，发票金额通常应与合同金额一致。若发票金额超过合同金额，可能引发税务机关对交易真实性的质疑，甚至被认定为虚开发票，面临行政处罚或刑事责任。

2. 违约金是否应计入发票金额

   • 若违约金属于合同履行中的补偿性款项（如因迟延履行支付的违约金），且双方在合同中明确约定违约金条款，则违约金可能被视为合同价款的补充部分。此时，需分情况处理：
     
     • 若违约金与合同价款一并支付，且交易实质未发生变化（如仍为同一合同项下的服务或货物），可协商将违约金合并开具发票，但需在发票备注栏或合同中明确违约金性质，避免被误认为虚增交易金额。
       
     • 若违约金是独立于合同价款的赔偿（如因违约导致对方损失的赔偿），则违约金不应计入发票金额，而应由收款方开具收款凭证（如收据），并单独核算。
       
   • 若违约金属于惩罚性款项（如合同未约定但法律规定的违约金），通常与合同价款无关，不应开具发票，而应通过法律程序或协商解决，并留存相关证据。

3. 税务合规与风险防范

   • 发票内容需与实际交易一致：若将违约金计入发票金额，需确保交易实质符合税法规定，避免被认定为“变名开票”或“虚开发票”。
     
   • 合同条款需明确：建议在合同中约定违约金的处理方式（如是否计入发票、如何分摊税费），减少后续争议。
     
   • 留存证据：无论是否开具发票，均需保留违约金支付凭证、合同、沟通记录等证据，以备税务检查或法律纠纷时使用。

4. 实务建议

   • 优先协商：与交易对方协商，明确违约金是否计入发票金额，并达成书面一致。
     
   • 合规操作：若需将违约金计入发票，建议咨询税务机关或专业机构，确保符合当地政策。
     
   • 避免风险：切勿为减少税费而虚增发票金额，否则可能面临补税、罚款甚至刑事责任。

总结：发票总额一般不应超过合同金额，若包含违约金，需根据违约金性质、合同约定及税务规定综合判断。建议优先通过合同明确条款，并咨询专业机构确保合规。如有具体案例，可进一步提供细节，我将为您详细分析。