有证驾驶无牌农用四轮车，一般会面临警告、罚款、扣分、扣车甚至拘留的处罚，具体处罚措施需根据实际情况判断，以下是详细分析：

1. 行政处罚层面

   • 罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条规定，上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，未放置检验合格标志、保险标志，或者未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应当扣留机动车，通知当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续，并可以依照本法第九十条的规定予以处罚。而第九十条规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。因此，驾驶无牌农用四轮车，首先面临的是二十元以上二百元以下的罚款。

   • 扣分：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶未悬挂机动车号牌的机动车上道路行驶的，一次记9分。这意味着，除了罚款外，驾驶人的驾驶证还会被扣9分。

   • 扣车：如前所述，公安机关交通管理部门在发现无牌车辆后，有权扣留机动车，直至当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续。

2. 特殊情况处理

   • 如果驾驶人无法提供车辆合法来源证明：如购车发票、车辆合格证等，且车辆涉嫌拼装或报废，那么除了上述行政处罚外，车辆还可能被依法收缴并强制报废。

   • 如果驾驶人存在其他违法行为：如酒驾、醉驾、超载等，那么将根据相关法律法规，面临更严厉的处罚，包括但不限于罚款、拘留、吊销驾驶证等。

3. 法律建议

   • 尽快办理车辆登记上牌手续：这是避免此类违法行为的最根本方法。农用四轮车作为机动车，必须依法登记上牌后才能上路行驶。

   • 遵守交通规则：驾驶人在驾驶过程中，应严格遵守交通规则，确保行车安全。这不仅是对自己负责，也是对他人负责。

   • 了解并遵守相关法律法规：作为机动车驾驶人，应了解并遵守《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规，避免因无知而违法。