有罪不起诉是否会留下案底，需根据不起诉的具体类型来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、法定不起诉与存疑不起诉

1. 法定不起诉：

   • 定义：适用于《刑事诉讼法》第十六条规定的情形，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的等。
   • 是否留案底：由于法定不起诉的本质是犯罪嫌疑人行为不构成犯罪或者法律规定不追究刑事责任，且没有经过法院的有罪判决，因此不会留下案底。

2. 存疑不起诉：

   • 定义：指对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
   • 是否留案底：存疑不起诉是因为证据不足而无法认定犯罪嫌疑人有罪，因此不会留下案底。但值得注意的是，如果之后司法机关发现了新的证据，符合起诉条件时，仍可对犯罪嫌疑人提起公诉。

二、相对不起诉（酌定不起诉）

1. 定义：

   • 指犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

2. 是否留案底：

   • 理论层面：相对不起诉虽然没有经过法院审判定罪，但从法律角度看，犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，只是基于具体情况，检察机关决定不起诉。严格来说，只有经人民法院生效裁判确认有罪的被告人才会有正式的案底。因此，相对不起诉在理论上可能不会直接留下案底。
   • 实务层面：然而，部分观点认为相对不起诉可能会留下违法犯罪记录，对当事人报考公务员、参军等需要进行政审的活动产生一定影响。这主要取决于地区和具体政策。例如，部分地区对于符合特定条件的酌定不起诉案件，会探索进行案底封存等特殊处理方式，以减少对当事人的不利影响。

三、法律建议与后续影响

1. 法律建议：

   • 如果您面临有罪不起诉的情况，建议咨询当地法律专业人士或专业机构，以获取最准确的信息和建议。他们可以根据您的具体情况，提供针对性的法律指导。

2. 后续影响：

   • 即使没有留下正式的案底，相对不起诉的决定也可能在司法机关内部留下记录。这些记录主要用于司法机关内部的信息管理和查询，一般不会对外公开。但在某些特定情况下，如报考公务员、参军等需要进行政审的活动时，这些记录可能会被考虑在内。

总结来看：

1. 法定不起诉和存疑不起诉：不会留下案底。
2. 相对不起诉：可能因地区和具体政策而异，部分情况下可能留下违法犯罪记录，对特定活动产生影响。

如果您对此类问题有具体的疑虑或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供准确的法律信息和建议。