核心结论：医疗器械公司注销后，之前的合作一般无法继续，且是否罚款、员工是否受处罚需分情况讨论。

1. 公司注销后合作能否继续
   公司注销意味着法人资格终止，所有未履行的合同原则上应终止。若合作方希望继续履行，需重新与注销公司的权利义务承继方（如股东、清算组）协商，并签订新合同。但实践中，因公司主体已不存在，合作方通常会选择终止合作或通过法律途径主张权利。

2. 是否会被罚款

   • 若注销前存在违法行为：如未按规定办理医疗器械经营许可变更、未履行质量安全义务等，监管部门可能对公司（或清算组）处以罚款，罚款金额依据《医疗器械监督管理条例》等法规，通常为违法所得的3-5倍或固定金额（如5万-20万元）。
     
   • 若注销程序合法且无违法行为：一般不会因注销行为本身被罚款。但需注意，若注销时隐瞒债务或虚假清算，可能面临行政处罚或股东连带责任。

3. 员工是否会受处罚

   • 员工无过错时：员工不因公司注销而直接受处罚。但若员工在任职期间参与违法行为（如生产销售不合格医疗器械），可能面临行政处罚（如罚款、禁业限制）或刑事责任。
     
   • 员工有过错时：若员工是直接责任人（如质量负责人、生产负责人），且其行为导致公司违法，监管部门可能对其个人处罚，罚款金额依据具体违法情节（如《医疗器械监督管理条例》第81-88条）。

建议：

• 若您是合作方，需尽快与清算组沟通，确认合同履行或赔偿方案；
  
• 若您是公司股东或员工，需核查注销前是否存在违法行为，避免个人责任。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。