私自在毛石地基上打孔确实存在破坏建筑物的风险，但具体是否会造成破坏，需结合打孔的位置、深度、数量以及地基的原始状况等多个因素来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、打孔对地基稳定性的影响
地基承载力：毛石地基作为建筑物的支撑基础，其承载力是确保建筑物稳定的关键。私自在地基上打孔，尤其是打孔位置不当或打孔过深，可能会削弱地基的承载力，导致地基沉降或局部失稳，进而影响建筑物的整体稳定性。
地基结构完整性：地基的结构完整性对于其承载能力至关重要。打孔可能会破坏地基的连续性，形成应力集中点，增加地基破坏的风险。特别是在地基承载力已经接近极限的情况下，打孔可能成为引发地基破坏的导火索。
二、打孔对建筑物的影响
建筑物沉降：如果打孔导致地基承载力下降，建筑物可能会出现不均匀沉降。这种沉降可能导致建筑物结构开裂、倾斜甚至倒塌，严重威胁居住者的安全。
建筑物结构损伤：打孔过程中产生的振动和冲击力可能对建筑物的结构造成损伤。特别是对于老旧建筑或结构脆弱的建筑，这种损伤可能更为显著，甚至引发结构性安全问题。
三、法律与合规性角度
建筑法规：根据相关建筑法规，对建筑物进行任何改动或施工，都需要获得相应的许可和批准。私自在毛石地基上打孔，可能违反建筑法规，面临法律责任和处罚。
相邻权：如果打孔行为对相邻建筑物的安全或正常使用造成影响，还可能涉及相邻权纠纷。根据法律规定，相邻各方应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
四、建议与措施
专业评估：在考虑对毛石地基进行打孔或其他改动前，建议先进行专业的地质勘察和结构评估，以确定地基的承载能力和稳定性，以及打孔的可行性和安全性。
合法合规：确保所有施工活动都符合相关法律法规的要求，获得必要的许可和批准。避免因违法施工而引发的法律责任和纠纷。
谨慎施工：如果确实需要进行打孔施工，应选择有经验的施工队伍，并采取必要的防护措施，以减少对地基和建筑物的潜在影响。
如果有关于农村土地或宅基地相关的法律问题，或者对打孔行为可能引发的法律后果有进一步疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。