结论前置：针对您提出的“三楼棚顶漏水，四楼不同意排除他家下水管问题，是起诉四楼还是起诉四、五、六楼”的问题，这并非一个简单的起诉对象选择问题，而是需要综合考虑漏水原因、责任归属以及法律关系等多个因素。以下是我从不同角度为您进行的分析。
一、漏水原因与责任归属
若漏水确由四楼下水管问题导致：
- 在此情况下，四楼作为直接责任方，应当承担维修和赔偿的责任。如果四楼拒绝履行其责任，您有权选择起诉四楼，要求其排除妨碍并赔偿损失。
若漏水原因不明，或涉及多楼共同责任：
- 如果漏水原因无法直接归咎于四楼，或者存在四楼、五楼、六楼共同使用或管理下水管的情况，那么责任可能并非单一楼层承担。此时，您可能需要考虑起诉所有可能涉及的责任方，即四楼、五楼和六楼，以便在诉讼中查明事实，明确责任。
二、法律关系与诉讼策略
相邻权关系：
- 根据《民法典》中关于相邻权的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果四楼的下水管问题影响了您的正常生活，您有权要求其排除妨碍。在诉讼中，您可以依据相邻权关系主张您的权益。
共同侵权与连带责任：
- 如果漏水是由四楼、五楼、六楼共同使用或管理下水管导致的，且各楼层均存在过错，那么可能构成共同侵权。在此情况下，各楼层可能需要承担连带责任。您可以选择起诉所有可能涉及的责任方，以便在诉讼中查明各方的过错程度，并要求其承担相应的赔偿责任。
三、诉讼建议与注意事项
收集证据：
- 在起诉前，您需要收集充分的证据来证明漏水的原因、损失的程度以及责任方的过错。这可能包括照片、视频、维修记录、证人证言等。
咨询专业律师：
- 虽然我无法直接为您提供具体的诉讼策略，但建议您在起诉前咨询专业律师，以便根据您的具体情况制定合适的诉讼方案。律师可以帮助您分析法律关系、评估诉讼风险，并为您提供法律上的支持和指导。
考虑和解或调解：
- 在诉讼前或诉讼过程中，您也可以考虑与责任方进行和解或调解。这有助于节省时间和成本，并可能达成双方都能接受的解决方案。
总结与建议：针对您的情况，我建议您首先查明漏水的原因和责任归属。如果漏水确由四楼下水管问题导致，且四楼拒绝履行其责任，您可以考虑起诉四楼。如果漏水原因不明或涉及多楼共同责任，您可能需要考虑起诉所有可能涉及的责任方。在起诉前，请务必收集充分的证据，并咨询专业律师以制定合适的诉讼方案。如果您有任何进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。