您好，关于农村合作医疗一次交两年是否合法的问题，这主要涉及到农村合作医疗的缴费机制和相关政策规定。

首先，根据我了解到的信息，农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资的医疗互助共济制度。在缴费方面，它通常遵循的是自愿参加，按年缴费的原则。也就是说，农民每年根据自己的意愿和经济状况，选择是否参加以及缴纳多少费用，而不是一次性缴纳多年的费用。

其次，从政策层面来看，虽然具体的缴费标准可能因地区而异，但一般来说，农民个人每年的缴费标准不应低于一定金额（如10元），并且经济条件好的地区可以相应提高缴费标准。然而，这并不意味着可以一次性缴纳多年的费用。农村合作医疗的缴费是按年进行的，每年都需要重新确认参保意愿和缴纳费用。

再者，农村合作医疗的资金管理也强调了专款专用、专户储存的原则，确保基金的安全和完整。如果允许一次性缴纳多年的费用，可能会给资金管理带来不必要的复杂性和风险。

至于您提到的特殊情况，比如因工作等原因已经参加了其他医疗保险的，根据相关规定，为避免重复参保，您无需再参加农村合作医疗。但这并不影响您家庭中其他成员的正常参保和享受医疗待遇。

综上所述，农村合作医疗通常不支持一次交两年的费用，而是按年缴费。这样的规定既符合农村合作医疗的自愿参加、按年缴费的原则，也有利于资金的安全管理和有效使用。如果您对具体的缴费政策还有疑问，建议您咨询当地的农村合作医疗管理机构或相关部门，以获取更准确的信息。