结论：在校学生侵占科研经费后积极退还，仍可能面临纪律处分、民事赔偿及刑事责任风险，但退还行为可作为从轻处理的情节。以下从不同法律维度展开分析：

1. 纪律处分层面

根据《普通高等学校学生管理规定》及学校内部规章制度，学生侵占科研经费属于严重违反校规校纪的行为。即使积极退还，学校仍可能给予警告、记过、留校察看甚至开除学籍的处分。但退还行为可体现悔过态度，学校在量纪时通常会将其作为从轻处理的依据。例如，若侵占金额较小且未造成严重后果，可能仅给予警告或记过处分。

2. 民事赔偿层面

科研经费属于学校或科研项目的财产，学生侵占行为构成不当得利。根据《民法典》第九百八十五条，受损失方（学校或项目方）有权要求返还。积极退还虽履行了返还义务，但若侵占期间经费被使用或产生利息等损失，学生仍需承担补充赔偿责任。例如，若经费被用于个人消费导致项目进度延误，学生可能需赔偿间接损失。

3. 刑事责任层面

若侵占金额达到刑事立案标准（通常为6万元以上），可能涉嫌《刑法》第二百七十一条的职务侵占罪或第二百七十二条的挪用资金罪（具体罪名需根据行为性质认定）。积极退还属于“犯罪后自动投案并如实供述”或“退赃退赔”的情节，可依法从轻或减轻处罚。例如，根据《量刑指导意见》，退赃退赔可减少基准刑的30%以下；若同时具备自首情节，减少幅度可能更高。

4. 实务建议

• 主动配合调查：除退还经费外，应如实说明资金用途、去向，避免隐瞒或伪造证据。
  
• 书面悔过材料：提交书面检讨，明确承认错误并承诺不再犯，为学校或司法机关从轻处理提供依据。
  
• 关注程序权利：若学校启动纪律处分程序或公安机关立案，可依法申请听证、委托辩护人等，确保程序合法。
  

提示：具体处理结果需结合侵占金额、主观恶性、后果严重性等因素综合判断。若涉及刑事风险，建议尽快委托律师介入，通过退赔、立功等情节争取不起诉或缓刑。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。