如认为环境保护部门查封行为违规，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。以下是具体的处理方式和法律依据：

一. 申请行政复议

1. 申请时限：收到《查封(扣押)决定书》后60日内。
2. 申请机关：向当地市人民政府（具体提交至市司法局复议科）提交行政复议申请。
3. 可能结果：行政复议机关在《行政复议决定书》中作出决定，若认为查封行为违规，将撤销《查封(扣押)决定书》。

二. 提起行政诉讼

1. 起诉时限：收到《查封(扣押)决定书》后6个月内（若已申请行政复议，则在收到《行政复议决定书》后15日内）。
2. 起诉法院：向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，一般是向当地市第一人民法院提起；港澳台居民、外国人则向市中级人民法院提起。
3. 可能结果：法院作出判决，若认为查封行为违规，将撤销《查封(扣押)决定书》。

三. 法律依据

• 《中华人民共和国行政强制法》及相关规定对查封扣押等行政强制措施有明确规定，若环境保护部门在实施查封时未遵循相关法律规定，即构成违规。
• 《中华人民共和国行政复议法》和《中华人民共和国行政诉讼法》为公民、法人或其他组织提供了对行政机关具体行政行为不服时的救济途径，包括申请行政复议和提起行政诉讼。

我建议，在申请行政复议或提起行政诉讼前，可先尝试与环境保护部门沟通，了解查封的具体原因和依据，并核实是否存在违规情况。若沟通无果，再依法采取上述救济措施。同时，请确保在法定时限内提出申请或起诉，以免错过维权机会。如有进一步需要，您可以继续咨询我。