虚开发票案件是否需要做司法审计，需结合案件具体情况判断，但司法审计往往是查清事实、定罪量刑的关键环节。具体分析如下：

1. 司法审计的必要性取决于案件复杂程度

若虚开发票行为涉及金额巨大、交易链条复杂（如跨省、跨国虚开），或存在资金回流、伪造合同等隐蔽操作，税务机关或公安机关可能委托专业审计机构对涉案企业的账目、资金流向、发票开具逻辑等进行全面审计。例如，通过审计可核实虚开发票的“票货分离”是否真实存在，或判断企业是否存在“真业务假发票”的合理抗辩。
法律依据：根据《刑事诉讼法》第146条，侦查机关认为需要鉴定（包括审计）的，可委托有资质的机构进行。

2. 司法审计是定罪量刑的重要依据

在虚开发票罪的刑事诉讼中，司法审计报告通常作为核心证据，用于证明以下事实：

• 虚开金额：通过比对发票金额与实际交易记录，确定虚开数额；
  
• 主观故意：审计资金流向可证明是否存在“无货虚开”或“高开低走”等故意行为；
  
• 社会危害性：审计结果可能影响量刑（如虚开税款数额较大或特别巨大）。
  案例参考：某企业虚开发票案中，审计报告显示其通过空壳公司循环开票，虚开税款达500万元，最终法院以“虚开增值税专用发票罪”判处主犯有期徒刑10年。

3. 即使未启动司法审计，仍可能面临其他调查手段

若案件事实清晰（如直接承认虚开），或通过其他证据（如证人证言、电子数据）足以定案，可能无需司法审计。但实践中，税务机关常通过税务稽查先行调查，再移送公安机关立案，此时税务稽查报告可能替代部分审计功能。
注意：即使未进入刑事程序，企业也可能因虚开发票被行政处罚（如罚款、停供发票），此时税务机关的核查程序同样严格。

4. 当事人如何应对司法审计？

• 配合义务：拒绝配合审计可能被认定为“妨碍公务”，加重处罚；
  
• 质证权利：对审计报告有异议的，可申请重新鉴定或聘请专家辅助人出庭；
  
• 自证清白：若企业存在真实交易但被误判，需通过审计或提供合同、物流单据等证据反驳。

总结：虚开发票案件中，司法审计并非绝对必要，但复杂案件几乎必然涉及。若您或企业面临此类风险，建议提前梳理账目、固定交易证据，并在调查阶段依法维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。