自主择业干部拖欠军队巨额费用，军队不可以直接扣除其工资。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律原则与规定

1. 工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，用人单位（或相关支付主体）应当按时足额支付。
   • 工资支付具有法定性和强制性，非经法定程序，不得随意扣减。

2. 债务清偿与工资扣减：

   • 自主择业干部拖欠军队费用，属于债务纠纷范畴。
   • 债务清偿应当遵循法定程序，如通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
   • 直接扣除工资并非法定债务清偿方式，且可能侵犯劳动者的合法权益。

二、军队与自主择业干部的关系

1. 合同关系：

   • 自主择业干部与军队之间可能存在某种形式的合同或协议关系，但这种关系并不等同于劳动关系。
   • 即使存在合同关系，合同中关于费用支付和债务清偿的条款也应当遵循法律规定，不得违反工资支付原则。

2. 管理权限：

   • 军队对自主择业干部的管理权限主要限于军事管理和相关政策执行，并不包括直接扣减其工资。
   • 军队若需追讨拖欠费用，应当通过合法途径进行，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。

三、可能的法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 若军队未经法定程序直接扣减自主择业干部的工资，可能构成违法行为，侵犯劳动者的合法权益。
   • 自主择业干部有权向劳动监察部门投诉或向法院提起诉讼，要求恢复工资支付并赔偿损失。

2. 建议：

   • 军队应当通过合法途径追讨拖欠费用，如与自主择业干部协商、申请仲裁或提起诉讼等。
   • 自主择业干部应当积极履行债务清偿义务，避免引发不必要的法律纠纷。
   • 若双方存在争议，建议寻求专业法律帮助，以维护自身合法权益。

总结与提醒：自主择业干部拖欠军队巨额费用时，军队不可以直接扣除其工资。双方应当通过合法途径解决债务纠纷，以维护各自的合法权益。若您在此方面遇到法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。