您好，关于农作物种子代加工是否合法的问题，这主要取决于是否遵循了相关的法律法规和程序。

首先，根据农业农村部办公厅发布的关于加强种子基地监管的通知，以及我国《种子法》的相关规定，从事主要农作物杂交种子的生产经营者，必须取得相关省级政府农业农村部门核发的“种子生产经营许可证”。这意味着，任何未经许可的繁育、销售种子行为，包括代加工，都是不合法的。

具体来说，代加工种子如果涉及到主要农作物杂交种子，那么代加工方必须确保自己或委托方已经取得了合法的种子生产经营许可证。同时，代加工过程中还需要严格遵守种子生产的质量标准、操作规程以及品种权属等相关规定，确保所生产的种子符合法律法规的要求。

此外，通知中还明确提到了要严厉打击“私繁滥制”、抢购套购等违法违规行为。这些行为不仅扰乱了市场秩序，还可能对农业生产用种安全造成严重影响。因此，代加工种子时，必须确保所有操作都在合法合规的框架内进行。

如果代加工种子行为未经许可或违反了相关法律法规，那么将可能面临行政处罚甚至刑事处罚。例如，根据我国刑法第225条的规定，未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品的，将构成非法经营罪，情节严重的将受到刑事处罚。

综上所述，农作物种子代加工是否合法，关键在于是否取得了合法的种子生产经营许可证，并严格遵守了相关的法律法规和程序。因此，在进行农作物种子代加工时，建议您务必确保所有操作都在合法合规的框架内进行，以避免不必要的法律风险。