在生态环境行政处罚中，当存在两个以上从轻或减轻处罚情形时，适用规则需结合法律原则与具体条款综合判断，核心结论如下：

1. 法律适用原则：叠加适用优先，但需符合比例原则

根据《行政处罚法》第三十二条及生态环境领域专项法规（如《环境保护法》第六十条、《大气污染防治法》第一百二十二条等），若存在多个从轻或减轻处罚情形（如主动消除危害后果、配合调查、初犯且情节轻微等），行政机关可叠加适用多个情形，在法定处罚幅度内进一步降低处罚力度，但需确保最终处罚结果与违法行为的事实、性质、情节及社会危害程度相当。

示例：
某企业因超标排放大气污染物被查处，同时存在以下情形：

• 主动停产整改（主动消除危害后果）；
  
• 配合环保部门调查并提供关键证据；
  
• 初次违法且危害后果轻微。
  行政机关可依据上述情形，在原处罚幅度（如罚款10万-100万元）基础上，综合降低罚款至20万元以下，但需在处罚决定书中详细说明各情形的适用理由及叠加效果。

2. 限制条件：不得突破法定最低限

若法律对某类违法行为规定了最低处罚标准（如“处10万元以上罚款”），即使存在多个从轻或减轻情形，行政机关也不得突破法定最低限，但可通过其他方式体现从轻（如分期缴纳、延长整改期限等）。

例外：
若法律明确规定“可以减轻处罚”（如《水污染防治法》第八十三条），且多个情形叠加后符合“显著轻微”标准，行政机关可在法定最低限以下处罚，但需严格履行听证、集体讨论等程序。

3. 程序要求：充分说理与证据固定

行政机关在处罚决定中需：

• 逐一列明适用的从轻/减轻情形；
  
• 说明各情形对处罚幅度的影响；
  
• 附具相关证据（如整改照片、配合调查记录等）。
  若未充分说理，可能导致处罚决定被复议机关或法院撤销。

4. 实务建议

• 对行政机关：制定内部指引，明确多情形叠加的适用规则，避免自由裁量权滥用。
  
• 对当事人：若认为处罚未充分考量从轻情形，可申请行政复议或提起行政诉讼，要求行政机关重新裁量。

提示：生态环境行政处罚的裁量规则因地区而异，具体适用需结合地方性法规及行政裁量权基准。如有疑问，可直接向我提供案件细节，我将进一步分析。