拆迁协议超过三年并不意味着就不能办理了，这一说法并不准确。拆迁协议的办理和效力主要受到相关法律法规的约束，而非单纯的时间限制。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、拆迁协议的法律效力
拆迁协议，作为拆迁方与被拆迁方之间就拆迁事宜达成的书面协议，具有法律效力。其效力并不因时间的推移而自动失效，除非协议中明确规定了有效期，或者存在法律规定的无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等）。因此，单纯的时间超过三年，并不会导致拆迁协议失效。
二、拆迁协议的履行与变更
履行期限：拆迁协议中通常会规定双方的履行期限，包括拆迁方支付补偿款的期限和被拆迁方腾退房屋的期限等。如果协议中明确规定了履行期限，且该期限已过，但双方仍未履行完毕，那么这并不意味着协议失效，而是可能构成违约。此时，违约方可能需要承担违约责任，但协议本身仍然有效。
协议变更：在协议履行过程中，如果因客观情况发生变化（如政策调整、规划变更等），导致原协议无法继续履行或需要变更，双方可以协商变更协议内容。这种变更并不受时间限制，只要双方达成一致即可。
三、拆迁协议的诉讼时效
虽然拆迁协议本身不受时间限制而失效，但如果因拆迁协议产生纠纷并需要诉讼解决时，就需要注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果被拆迁方在知道或应当知道自己的权利受到侵害之日起三年内未提起诉讼，那么可能会丧失胜诉权。但需要注意的是，诉讼时效的起算点是从权利人知道或应当知道权利受到侵害之日起计算，而非从协议签订之日起计算。
四、实际操作中的建议
及时履行协议：为了避免不必要的纠纷和损失，建议双方按照协议约定的期限及时履行各自的义务。
保留相关证据：在协议履行过程中，建议双方保留好相关证据（如付款凭证、腾退房屋的照片或视频等），以备不时之需。
协商解决纠纷：如果因拆迁协议产生纠纷，建议双方首先通过协商的方式解决。协商不成的，可以寻求第三方调解或依法提起诉讼。
注意诉讼时效：如果因拆迁协议产生纠纷并需要诉讼解决时，一定要注意诉讼时效的问题。及时在诉讼时效期间内提起诉讼，以维护自己的合法权益。
如果有任何关于拆迁协议或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。