当发现公司的公章被他人借出并用于违法活动时，这是一个非常严重的问题，需要立即采取一系列措施来保护公司的合法权益并防止进一步的损失。以下是一些详细的建议步骤：
一、立即确认使用情况并固定证据
核实使用行为：
- 首先，要迅速确认公章的使用情况，包括使用时间、地点、用途以及涉及的文件或合同。
- 收集所有与公章使用相关的文件副本、照片、视频等证据，以便后续调查和法律程序使用。
评估影响：
- 判断公章被违法使用是否已经对公司造成损失或法律风险，如合同纠纷、财务损失或声誉损害等。
- 如果发现已经造成损失，应立即采取措施止损，如暂停相关业务、冻结账户等。
二、报警处理并寻求法律援助
立即报警：
- 一旦发现公章被违法使用，应立即向当地公安机关报案，提供详细情况和线索，包括使用公章的文件、涉事人员的信息等。
- 配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持。
寻求法律援助：
- 聘请专业律师，咨询并处理与公章违法使用相关的法律问题。
- 律师可以协助公司收集证据、提起诉讼或仲裁程序，以维护公司的合法权益。
三、内部调查与追责
展开内部调查：
- 对公司内部进行彻底调查，查明公章是如何被借出的，涉及哪些人员，以及是否存在管理漏洞或制度缺陷。
- 查阅审批记录、用章登记等资料，必要时进行专业鉴定，以确定公章使用的真实性和合法性。
对责任人进行追责：
- 根据调查结果，对公司内部涉及公章违法使用的责任人进行严肃处理，包括纪律处分、解雇或追究法律责任等。
- 如果发现公司管理制度存在漏洞或缺陷，应及时进行修订和完善，以防止类似事件再次发生。
四、通知相关方并处理合同问题
及时通知合同相对方：
- 如果公章被用于签订合同或协议，且这些合同或协议可能因公章违法使用而无效或存在争议，公司应及时通知合同相对方，陈述事实并尝试解除合同或协议。
- 如果对方不予配合，公司可以通过法律途径认定合同无效或解除合同，以维护自身权益。
处理其他相关问题：
- 如果公章被用于其他违法活动，如伪造文件、诈骗等，公司应积极配合相关部门的调查工作，并提供必要的协助和支持。
- 同时，公司应关注自身声誉的损害情况，并采取措施进行修复和挽回。
五、加强公章管理并预防未来风险
建立健全公章管理制度：
- 明确公章的使用权限、审批流程和保管责任，确保公章的使用受到严格控制和监督。
- 规定公章的存放地点和保管方式，确保公章的安全和完整。
定期检查和审计公章使用情况：
- 定期对公章的使用情况进行检查和审计，确保公章的使用符合公司规定和法律法规要求。
- 如果发现异常情况或违规行为，应及时进行处理和纠正。
提高员工法律意识和风险意识：
- 加强对员工的法律教育和风险培训，提高员工对公章管理重要性的认识。
- 鼓励员工积极报告公章使用中的异常情况或违规行为，以便公司及时采取措施进行处理。
综上所述，当发现公司的公章被他人借出并用于违法活动时，公司应立即采取一系列措施来保护自身的合法权益并防止进一步的损失。通过立即报警、寻求法律援助、内部调查与追责、通知相关方并处理合同问题以及加强公章管理并预防未来风险等措施，公司可以有效应对这一挑战并维护自身的稳定和发展。