针对公司发函污蔑的情况，你可以按照以下步骤来处理：

一、明确污蔑内容与性质

首先，你需要仔细审查公司发来的函件，明确其中污蔑的具体内容、事实依据以及可能对你造成的负面影响。污蔑可能涉及名誉权侵权，即公司通过不实言论损害你的个人或企业名誉。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，名誉权是公民或法人依法享有的对其所获得的客观社会评价、排除他人侵害的权利。因此，如果公司发函中的内容确实构成污蔑，你有权采取法律措施维护自己的名誉权。

二、收集证据

在采取行动之前，你需要收集充分的证据来证明公司发函中的污蔑内容是不实的。这些证据可能包括：

1. 函件原文：作为直接证据，证明公司确实发出了含有污蔑内容的函件。
2. 相关证据材料：如合同、交易记录、沟通记录等，用于证明函件中污蔑的内容与事实不符。
3. 证人证言：如果有目击者或知情人士，可以请他们提供证言，证明函件中的污蔑内容是不实的。

三、与公司沟通协商

在收集到足够证据后，你可以尝试与公司进行沟通协商，要求公司撤回污蔑性的函件，并公开道歉以消除不良影响。沟通时，你可以：

1. 明确表达诉求：清晰、明确地告诉公司你的诉求，即撤回污蔑性函件并公开道歉。
2. 提供证据：向公司展示你收集到的证据，证明函件中的污蔑内容是不实的。
3. 寻求解决方案：与公司共同探讨解决方案，如公司可以发布更正声明或进行其他形式的补偿。

四、采取法律措施

如果公司拒绝撤回污蔑性函件或拒绝公开道歉，你可以考虑采取法律措施来维护自己的权益。具体步骤包括：

1. 发送律师函：委托律师向公司发送律师函，正式警告公司停止侵权行为，并要求公司承担相应的法律责任。
2. 提起诉讼：如果公司仍然置之不理，你可以向法院提起诉讼，要求公司承担名誉权侵权的法律责任，包括赔偿损失、公开道歉等。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来证明公司发函中的污蔑内容是不实的，并证明这些污蔑内容对你造成了实际的损害。

五、注意事项

1. 保持冷静与理性：在处理此类纠纷时，保持冷静与理性至关重要。避免采取过激行为或发表过激言论，以免加剧矛盾或给自己带来不必要的麻烦。
2. 及时咨询专业律师：由于名誉权侵权纠纷可能涉及复杂的法律问题和证据收集工作，因此建议你及时咨询专业律师的意见。律师可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议，并帮助你制定合适的维权策略。

针对公司发函污蔑的情况，你可以通过明确污蔑内容与性质、收集证据、与公司沟通协商以及采取法律措施等步骤来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。