结论前置：针对生产队堰塘被国家修建改造后被农户占用、村民要求承包费而占用户拒绝的情况，可通过协商、行政投诉、民事诉讼三种途径解决。以下是具体分析：

1. 明确堰塘权属与改造性质

• 权属确认：首先需确认堰塘的原始权属。若堰塘属于村集体所有（如生产队时期集体所有），则国家改造后权属通常仍归村集体，但需核查改造时是否涉及权属变更（如征收补偿协议）。
• 改造性质：若国家改造属于公益项目（如防洪、灌溉），可能涉及土地征收或用途变更，需查看是否有补偿协议或政府文件明确权属调整。若未变更权属，村集体仍有权管理。

2. 占用户行为的法律定性

• 无权占用：若占用户无法证明其合法占有权（如承包合同、继承权等），则构成无权占有，违反《民法典》第235条（返还原物请求权）及第236条（排除妨害请求权）。
• 侵权责任：占用户拒绝支付承包费且无合法依据，可能构成对村集体财产权的侵害，需承担停止侵害、赔偿损失等责任。

3. 解决途径

• 协商解决：
  • 村集体可组织村民代表与占用户协商，明确堰塘使用规则（如公开招标承包），并签订书面协议约定费用、期限及违约责任。
  • 协商需保留证据（如会议记录、签字文件），避免口头约定。
• 行政投诉：
  • 若占用户行为涉及违法占地（如改变农业用途为建设用地），可向当地自然资源部门或农业农村局举报，要求查处非法占用行为。
  • 依据《土地管理法》第77条，非法占用土地可被责令退还、拆除建筑物并罚款。
• 民事诉讼：
  • 村集体可作为原告，以占用户为被告提起返还原物纠纷或排除妨害纠纷诉讼，要求返还堰塘并支付占用期间费用。
  • 需准备证据：权属证明（如土地证、村集体决议）、占用事实证据（如照片、证人证言）、改造文件等。
  • 诉讼中可申请先予执行，快速恢复堰塘使用。

4. 承包费主张的合法性

• 合同依据：若村集体曾与占用户签订承包合同但未收费，可依据合同约定追缴；若无合同，需通过村民会议决议确定承包费标准。
• 公平原则：即使无书面合同，占用户实际使用堰塘获益，村集体可依据《民法典》第6条（公平原则）主张合理补偿。

5. 预防措施

• 完善管理：村集体应制定堰塘使用管理制度，明确承包、租赁流程，避免口头协议。
• 公开透明：通过村民会议决议承包方案，确保程序合法，减少纠纷。

建议行动步骤：

1. 收集权属证明及占用证据；
   
2. 尝试协商并签订书面协议；
   
3. 协商无果则向行政部门投诉或直接起诉。
   

如有进一步细节（如改造文件、占用时间等），可提供更多信息以便精准分析。