农民可通过以下途径维护合法权益：

1. 协商解决
   首先建议农民与承包老板直接沟通，明确要求其按照《农村土地承包法》及《公路安全保护条例》相关规定，在机耕道占用檐沟处修建涵道引水设施，确保原有排水功能不受影响。协商时可要求对方出具书面解决方案或承诺书，固定证据。

2. 行政投诉
   若协商无果，可向当地农业农村局、自然资源局或乡镇政府反映情况。根据《土地管理法》第七十八条，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地。虽本案为机耕道建设，但行政机关有权监督土地使用合规性，可要求承包方整改。

3. 民事诉讼
   若占用檐沟导致房屋受损或农田积水，农民可依据《民法典》第二百三十六条（排除妨害请求权）及第二百三十八条（物权损害赔偿请求权）向法院起诉，要求承包方恢复排水功能并赔偿损失。需准备以下证据：

   • 土地承包合同、宅基地使用权证等证明权属；
     
   • 机耕道建设前后的照片、视频；
     
   • 村委会或邻居的证人证言；
     
   • 损失评估报告（如农田减产、房屋维修费用等）。

4. 申请行政调解或仲裁
   部分地区设有农村土地承包仲裁委员会，农民可依据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》申请仲裁，要求承包方履行义务。仲裁具有成本低、效率高的特点，适合争议金额较小的案件。

关键提醒：

• 行动前务必保留好土地权属证明、现场照片等证据；
  
• 避免自行阻挠施工，可能涉嫌违法；
  
• 若涉及集体土地，可联合其他村民共同维权，增强协商或诉讼力度。
  

如有进一步细节需分析（如承包合同具体条款、损失范围等），可直接向我咨询。