关于林木林地流转中乙方股东签字是否有效的问题，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若乙方为有限责任公司或股份有限公司，股东签字本身不直接产生流转效力，需公司以法人名义签署并加盖公章
   根据《公司法》第三条，公司是企业法人，具有独立的民事权利能力。林木林地流转属于重大资产处置行为，需由公司作为合同主体签署流转协议。股东签字仅代表个人意见，无法直接替代公司意志。若协议未加盖公司公章，即使全体股东签字，也可能因主体不适格被认定为无效合同。
   例外情形：若公司章程或股东会决议授权特定股东代表公司签署流转协议，且该授权文件作为协议附件，则股东签字可视为公司行为，协议有效。

2. 若乙方为合伙企业，执行事务合伙人签字有效，但需符合合伙协议约定
   根据《合伙企业法》第二十六条，合伙企业对外代表权由执行事务合伙人行使。若流转协议由执行事务合伙人签署，且未超出合伙协议约定的权限范围，则协议有效。
   风险提示：若合伙协议明确限制执行事务合伙人处置重大资产的权利，或流转行为需全体合伙人一致同意，则仅执行事务合伙人签字可能导致协议效力瑕疵。此时需补充其他合伙人签字或追认文件。

3. 若乙方为个体工商户或个人独资企业，经营者签字即有效
   个体工商户与个人独资企业不具有独立法人资格，其民事责任由经营者承担。根据《民法典》第五十四条，自然人从事工商业经营，经依法登记为个体工商户的，以个人财产承担债务。因此，流转协议由经营者签字即视为有效，无需其他股东或合伙人参与。

法律建议：

1. 核查乙方主体资格：要求乙方提供营业执照、公司章程或合伙协议，确认其类型及签署权限。
   
2. 审查授权文件：若乙方为法人或合伙企业，要求提供股东会决议、董事会决议或授权委托书，确保签署人具有合法权限。
   
3. 完善协议条款：在协议中明确约定“本协议自双方签字（或盖章）之日起生效”，并要求乙方加盖公章或合同专用章，以规避主体风险。
   

若您涉及具体流转纠纷，可进一步向我提供乙方主体类型、协议签署情况等细节，我将结合《公司法》《合伙企业法》及《民法典》相关规定，为您制定维权方案。