在原告理不清被告一与被告二公司之间是职务行为的情况下，可以同时将二者列为共同被告。具体分析如下：

一. 法律依据

• 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十五条：“借用业务介绍信、合同专用章、盖章的空白合同书或者银行账户的，出借单位和借用人为共同诉讼人”。
• 同时，该解释第五十六条规定：“法人或者其他组织的工作人员执行工作任务造成他人损害的，该法人或者其他组织为当事人”。若被告一的行为确系职务行为，则最终责任应由公司承担；若非职务行为，则由被告一本人承担责任。

二. 分析说明

1. 共同被告的确定：在原告无法理清被告一与被告二公司之间是否为职务行为时，为了保障原告的诉讼权利，可以同时将二者列为共同被告。这样，无论最终法院认定是职务行为还是个人行为，都能确保有明确的责任承担者。
2. 诉讼程序的进行：将二者列为共同被告后，法院会在审理过程中查明事实，确定责任主体。如果查明被告一的行为是职务行为，那么责任将由被告二公司承担；如果查明是非职务行为，则由被告一承担责任。
3. 法律效果的保障：同时列二人为共同被告，可以确保在判决后，原告能够顺利获得赔偿。如果仅列其中一方为被告，而最终判定责任在另一方，那么原告可能需要再次提起诉讼，增加了诉讼成本和风险。

三. 实际案例

• 例如，在某起交通事故中，原告无法确定肇事司机（被告一）与车辆所属公司（被告二）之间的关系。为了保障自己的权益，原告将二者同时列为被告。法院在审理过程中查明，肇事司机是在执行公司任务时发生交通事故，因此最终判决由被告二公司承担赔偿责任。

综上所述，当原告理不清被告一与被告二公司之间是职务行为时，可以同时将二者列为共同被告，以确保自己的诉讼权利和合法权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。