公司做假合同，一般由市场监督管理部门或公安机关进行处理，具体取决于假合同的性质和后果。以下是对此问题的详细分析：
一、市场监督管理部门处理
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，合同应当真实、合法，不得伪造或变造。公司做假合同，若涉及虚假宣传、欺诈消费者等违法行为，将受到市场监督管理部门的查处。
处理流程：
- 市场监督管理部门在接到举报或发现公司存在做假合同的行为后，会进行调查取证。
- 若查实公司存在违法行为，市场监督管理部门将依法给予行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。
典型案例：
- 例如，某公司为获取不正当利益，伪造与客户的合同，虚构交易事实。市场监督管理部门在接到举报后，经调查取证，确认该公司存在违法行为，依法对其进行了罚款并责令停业整顿。
二、公安机关处理
法律依据：
- 若公司做假合同的行为涉嫌犯罪，如合同诈骗罪、伪造公司印章罪等，将由公安机关依法进行刑事侦查。
处理流程：
- 公安机关在接到报案或发现犯罪线索后，会进行立案侦查。
- 若查实公司存在犯罪行为，公安机关将依法采取强制措施，如刑事拘留、逮捕等，并将案件移送检察机关审查起诉。
典型案例：
- 例如，某公司为骗取银行贷款，伪造多份虚假合同。公安机关在接到银行报案后，经侦查取证，确认该公司存在合同诈骗行为，依法对其主要负责人进行了刑事拘留，并将案件移送检察机关审查起诉。
三、其他可能的处理部门
- 税务部门：如果假合同涉及偷逃税款等税务违法行为，税务部门也将依法进行查处。
- 行业主管部门：对于特定行业，如建筑、医疗等，行业主管部门也可能对做假合同的行为进行监管和处罚。
四、法律建议
- 公司应遵守法律法规：公司应严格遵守相关法律法规，确保合同的真实性和合法性，避免涉及任何违法行为。
- 及时咨询专业律师：如果公司面临合同纠纷或涉嫌做假合同的问题，应及时咨询专业律师，了解法律风险和应对策略。
- 积极配合调查：如果公司被相关部门调查，应积极配合调查工作，如实提供相关证据和信息，以减轻法律责任。
公司做假合同是严重的违法行为，不仅可能面临行政处罚，还可能涉嫌犯罪。因此，公司应严格遵守法律法规，确保合同的真实性和合法性。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。