在有独立请求权第三人参加诉讼的案件中，若原告申请撤诉，后续程序需分情况讨论：

1. 法院裁定准许撤诉
   若法院裁定准许原告撤诉，案件将终结诉讼程序。此时，有独立请求权第三人（以下简称“第三人”）的诉讼地位需分两种情形处理：

   • 第三人未提出独立诉讼请求：若第三人仅以辅助原告或被告的立场参与诉讼（如支持原告诉求或反驳被告主张），且未提出独立于原被告的实体请求，则撤诉后第三人不再具有诉讼主体资格，案件彻底终结。
     
   • 第三人已提出独立诉讼请求：若第三人以“本案双方当事人”为共同被告，提出与原被告均对立的实体请求（如主张对争议标的物的所有权），则其诉讼地位独立于原被告。此时，原告撤诉不影响第三人诉讼的继续进行，法院应将第三人列为原告，原诉讼的原告和被告列为共同被告，继续审理第三人提出的诉讼请求。
     法律依据：《民事诉讼法》第59条第2款规定，有独立请求权的第三人有权以原告身份提起诉讼，其诉讼权利不因原原告撤诉而消灭。

2. 法院裁定不准许撤诉
   若法院认为撤诉可能损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益（如第三人已提出独立请求且案件涉及重大公共利益），可能裁定不准许撤诉。此时，诉讼程序继续进行，第三人仍需参与庭审，其诉讼地位不受撤诉申请影响。
   实践要点：法院需审查撤诉动机，若第三人明确反对撤诉并主张实体权利，法院通常倾向于维持诉讼程序。

3. 第三人主动退出诉讼的例外情形
   若第三人在原告撤诉后，自愿放弃独立诉讼请求（如通过书面声明或出庭表示不再主张权利），法院可裁定终结第三人诉讼部分。但此情形需第三人明确意思表示，否则法院不得主动剥夺其诉讼权利。

建议：

• 若您是第三人，需在原告撤诉后及时向法院提交书面意见，明确是否继续主张权利，避免诉讼权利被忽视。
  
• 若您是原被告一方，撤诉前应评估第三人诉讼地位，防止因撤诉导致案件被第三人“接续”而增加诉讼成本。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。