跟邻居换土地盖房三十年后协议丢失且对方反悔，可通过多种途径维权。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析和应对：

一. 确认土地交换事实

1. 寻找证据：虽然协议丢失，但你可以尝试寻找其他证据来证明土地交换的事实，如证人证言、相关部门的登记记录、当年的通讯记录等。- 例如，当年参与土地交换的见证人，或者村里知晓此事的长者，他们的证言都能作为辅助证据。
2. 实际使用情况：你们已经在交换的土地上盖房子并居住了三十年，这一长期的实际使用情况也能作为证明土地交换事实的重要证据。

二. 法律依据

1. 民法典相关规定：根据《民法典》的相关规定，不动产权利人对已登记的不动产物权享有物权保护，同时，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。这意味着，即使协议丢失，但土地交换的事实和双方的合意是存在的，且已经实际履行了多年。
2. 诉讼时效问题：根据《民法典》第一百九十二条，诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩。由于你们已经实际使用土地三十年，对方在此期间未提出异议，现在反悔可能面临诉讼时效已过的问题。

三. 应对策略

1. 协商解决：首先尝试与对方进行友好协商，说明土地交换的事实和多年的实际使用情况，以及现在反悔可能面临的法律后果，争取达成和解。
2. 寻求法律帮助：如果协商无果，你可以向当地法院提起诉讼，请求确认土地交换的合法性，并要求对方履行协议或承担违约责任。
3. 证据保全：在诉讼过程中，务必注意保全相关证据，如证人证言的录音录像、相关部门的登记记录复印件等，以确保你的权益得到充分保护。

综上所述，虽然协议丢失，但你仍可以通过寻找其他证据、依据民法典的相关规定以及采取适当的应对策略来维护自己的权益。我建议你先尝试与对方协商解决，如果协商无果，再寻求法律帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。